1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes # 添加南方科技大学的镜像源 conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.sustech.ed...
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
一、官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装,避免配置环境的麻烦,但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools 1 conda install -y -c bioconda sra-tools 二、SRA文件下载地址获取 1.NCBI GEO数据库下载地址 1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 2.输入GEO Accession(如GSE52778),点击搜索,...
conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) :Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software ...
2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi...
2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装...
conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 复制 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd./biosoft/wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz ...