conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
为了使用conda安装sratoolkit,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行终端: 首先,你需要打开你的命令行终端。这可以是Windows的命令提示符(CMD)、PowerShell,macOS的Terminal,或者是Linux的终端。 添加Bioconda渠道: SRA Toolkit可以通过Bioconda渠道进行安装。在安装之前,确保你已经添加了Bioconda和conda-forge渠道。这可以通过...
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 sub...
我们安装的是sra-tools,调用的是prefetch; 我们安装的是blast,调用的是blastp 三个特殊情况 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools 查看conda环境中已安装的软件 基本用法:conda list 查看当前环境所安装的软件 扩展用法:1.查看符合正则表达式的软件conda list fast* 2.查看指...
##我们认知的软件名(通过文献或是公众号)和conda给的名字不一样,先搜索,如下的软件 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools bioconda是一个频道,里面是有与生信相关的软件。看看bioconductor与生信相关的R包。 查看已安装的软件: • conda list • conda list fast* (比...
安装命令: conda install gatk 搜索需要的安装包: 提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在 conda available packages 当然, 也可以用这个命令进行搜索 conda search gatk 安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置: whichgatk 如需要安装特定的版本: ...
创建一个环境transcriptome安装常用转录组分析软件 # 新建一个环境,命名为transcriptome # 环境名字为 transcriptome # 环境中安装 samtools multiqc rseqc conda create -n transcriptome samtools multiqc rseqc # 如果还想继续安装 conda install -n transcriptome fastqc salmon star stringtie sra-tools trimmomatic rmats...
Conda安装配置生物信息软件 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。
Conda安装和配置 在链接https://www.anaconda.com/products/individual下载Anaconda或Miniconda对应版本的分发包之后,安装就是运行下面的命令,根据提示一步步操作,主要是修改安装路径 (如果是根用户,可以安装到/anaconda下,其它任意目录都可以,但路径短还是有好处的;普通用户安装到自己有权限的目录下,如~/miniconda2)。
但是如果我们安装最新版,也是看官方文档:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit,我们通常是基于Ubuntu的Linux学徒: CentOS Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive ...