conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本的sratoolkit。等待安装完成即可。另外,如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。首先,将sratoolkit的链...
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 sub...
conda install -y sra-tools macs2 deeptools conda install -y homer meme samtools conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin 安装R包 这里先不安装。 查看软件是否安装成功 输入软件名查看help,有帮助命令即安装成功。 2....
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc...
Cloud - yum install script- for CentOS - requires sudo permissions MacOS 64 bit architecture MS Windows 64 bit architecture cd ~/biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz ...
conda install fastqc # 调出帮助文档 fastqc--help # 可以一次安装多个软件 conda install-y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ## 不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 # sra-tools prefetch--help fastq-dump--help ...
Cloud - yum install script- for CentOS - requires sudo permissions MacOS 64 bit architecture MS Windows 64 bit architecture cd~/biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gzcdsratoolkit.3.0.7...
conda install -y fastqc # 调出帮助文档 fastqc --help # 可以指定软件版本 conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc...
~/biosoft/sickle/sickle-master/sickle -h## Download and install sratoolkit## http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software## http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/mkdir-p ~/biosoftcd~/biosoftmkdirsratoolkit &&cdsratoolkit ...
-hisat2 samtools sratoolkit -htseq-count -fastqc trimmomatics 生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 代码语言:javascript 复制 python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) ...