1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
-rw-rw-r--. 1 XXX XXX 680668110 Nov 2 19:27 ERR571271_2.fastq conda install -c conda-forge parallel
由于个人没有使用conda安装软件,以及conda安装的sratoolkit 的版本比较老,不适应新版本的NCBI,故直接到官网上安装软件方便一些 # 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requ...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...
也可以用conda快捷安装 4. 将sratoolkit 添加到环境变量 #进入环境变量所在的目录后输入 echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #这里面的~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin表示是sratoolkit 所在的目录 ...
一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能安装上,但是版本是2.5.7,没有3.0版的fasterq-dump子命令 代码语言:javascript 复制 ## 注意软件名也不是prefetch ...
方法一:通过下载新版本并手动安装 下载新版本:从NCBI SRA Toolkit页面下载最新版本的压缩包(通常是.tar.gz格式)。 解压压缩包:使用tar命令解压下载的压缩包。 bash tar -xzf sratoolkit.版本号.tar.gz 进入解压后的目录:使用cd命令进入解压后的目录。 bash cd sratoolkit.版本号/ 安装或更新:根据解压后的目...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...