一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能安装上,但是版本是2.5.7,没有3.0版的fasterq-dump子命令 代码语言:javascript 复制 ## 注意软件名也不是prefetch conda install-y sra-tools ## conda install-c da...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-dump 2.使用 比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里...
SRA Toolkit是ncbi下载.sra文件和转换.fastq文件的极好工具 1.1 下载、安装及环境配置 # 下载压缩包 cd ~/software # 进入存放工具的文件夹 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-ubuntu64.tar.gz # 解压 tar xzvf sratoolkit.2.11.0-ubuntu64.tar.gz # 配置环境 ...
49-sra_toolkit是常用生物信息软件的第49集视频,该合集共计53集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetch -h Usage:prefetch[options]<SRAaccession>[...]DownloadSRAfiles and their dependencies ...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
wget --output-document sratoolkit.tar.gz http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 1. tar -vxzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 1. export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin ...
[root@PC3 sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]#cd bin/[root@PC3 bin]# ls abi-dump fasterq-dump-orig.2.11.0pacbio-load srapath-orig.2.11.0test-sra.2.11.0abi-dump.2fastq-dump pacbio-load.2sra-pileup vdb-config abi-dump.2.11.0fastq-dump.2pacbio-load.2.11.0sra-pileup.2vdb-config.2...
进入sratoolkit中bin文件夹:输入 cd /Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin ./vdb-config -i 按上下键移动,到Change,回车后选择对应的目录『该目录必须为空』,移动到Save回车后,移动到Exit回车 7.开始下载原始数据 打开终端 输入 for sample in $(cat /Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List...