conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
后面就要上传到Linux里面啦。 为了后续reads去接头方便操作,我最终还是在Linux上转换格式,conda真的是很好用的一个软件(具体安装过程参见生信技能树conda管理生信软件一文就够) conda install -y sra-tools conda install -y trimmomatic conda install -y fastqc sra tools配置如下: #调整数据储存位置 vdb-config -...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: (1)查找需要下载的SRA数据的访问号(Accessi...
一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能安装上,但是版本是2.5.7,没有3.0版的fasterq-dump子命令 代码语言:javascript 复制 ## 注意软件名也不是prefetch ...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
$ ll result/ total 1329432 -rw-rw-r--. 1 XXX XXX 680668110 Nov 2 19:27 ERR571271_1.fastq -rw-rw-r--. 1 XXX XXX 680668110 Nov 2 19:27 ERR571271_2.fastq conda install -c conda-forge parallel
# conda install sratoolkit # go to https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit prefetch -h ~/project/Data_center/softwares/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin/prefetchSRR10065158 SRR10065151 SRR10065152 SRR10065153 SRR10065154 SRR10065155 SRR10065156 SRR10065157 -O SRA -...
bash conda update sratoolkit 5. 验证SRA Toolkit的版本 更新完成后,你可以再次使用fastq-dump --version命令或其他SRA Toolkit工具的版本检查选项来验证更新是否成功。 bash fastq-dump --version 如果显示的版本号是你刚刚更新的版本号,那么更新就成功了。
也可以用conda快捷安装 4. 将sratoolkit 添加到环境变量 #进入环境变量所在的目录后输入 echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #这里面的~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin表示是sratoolkit 所在的目录 ...