Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
该研究基于Smart-seq2单细胞转录组测序技术得出的数据开发了STARTRAC这一分析工具,对结直肠癌病人癌组织,癌旁组织以及外周血中鉴定的20类不同类型T细胞进行单细胞水平的追踪,对其组织分布特性、克隆性、迁移性和状态变化特性进行了系统性地定量刻画。 图4 基于Smartseq2测序和STARTRAC算法对T细胞进行动态描绘 该文对结...
利用Smart-seq2技术对3792个细胞进行单细胞测序,对脑脊液细胞的基因表达情况进行了全面表征。过滤掉低质量细胞后,文章分析了207个正常脑脊液细胞,41个B细胞,41个T细胞。平均每个细胞检测到803个基因表达。聚类分析发现正常淋巴细胞在不同微环境下具有相似的表达谱。正常脑脊液样本未发现B细胞。 图1. 脑脊液循环肿瘤细胞...
该研究基于Smart-seq2单细胞转录组测序技术得出的数据开发了STARTRAC这一分析工具,对结直肠癌病人癌组织,癌旁组织以及外周血中鉴定的20类不同类型T细胞进行单细胞水平的追踪,对其组织分布特性、克隆性、迁移性和状态变化特性进行了系统性地定量刻画。 图4 基于Smartseq2测序和STARTRAC算法对T细胞进行动态描绘 该文对结...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
单细胞转录组测序技术,现在常用的是Smart-seq2技术流程和10×Genomics技术流程,两种技术各有优缺点,Smart-seq2技术可以获得完整mRNA的信息,但借助FACS分选一次只能构建96-384个单细胞测序文库;10×Genomics技术可以构建海量的单细胞测序文库(100000级别),但是只能获取mRNA3’端的信息,即只能获取转录本的部分信息。
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。
Smart-seq2技术是一种用于检测单细胞水平下转录组的高精度、高覆盖率方法，与10x Genomics技术在技术层面具有一致性，但具有更高的灵活性、精度、覆盖率。该技术可以在单细胞水平下进行全长mRNA测序，支持对未知mRNA序列的样品进行检测，最低支持单个细胞或10pg RNA总量为模板。其检测的覆盖率和灵敏度足以...