SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可以获得单细胞水平上更详细和全面的基因表达数据。 2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMAR...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
该研究基于Smart-seq2单细胞转录组测序技术得出的数据开发了STARTRAC这一分析工具,对结直肠癌病人癌组织,癌旁组织以及外周血中鉴定的20类不同类型T细胞进行单细胞水平的追踪,对其组织分布特性、克隆性、迁移性和状态变化特性进行了系统性地定量刻画。 图4 基于Smartseq2测序和STARTRAC算法对T细胞进行动态描绘 该文对...
然后添加TSO(template-switching oligo)引物,退火后结合在第一条链的3’端与poly(C)突出杂交,合成第二条链。这样得到的cDNA经过PCR扩增,然后再纯化后用于测序。 Smart-seq2数据分析流程: 比对和组装及QC需要用到的软件: 常规scRNA-seq分析流程: skylab提供了基于WDL语言的Workflow分析脚本,涵盖了下机原始数据的组装...
5. cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适片段,通过末端修复、加A、接头连接Read2测序引物,再以PCR方式构建含有P5和P7接头的cDNA文库即可。 Smart-Seq2 和 10X Genomics 优点与限制 数据差异 张泽民团队通过直接比较两个平台上来自相同CD45细胞样本的scRNA-seq数据,广泛系统地分析评估了各自数据特征。Smart-seq2...
该研究基于Smart-seq2单细胞转录组测序技术得出的数据开发了STARTRAC这一分析工具,对结直肠癌病人癌组织,癌旁组织以及外周血中鉴定的20类不同类型T细胞进行单细胞水平的追踪,对其组织分布特性、克隆性、迁移性和状态变化特性进行了系统性地定量刻画。 图4 基于Smartseq2测序和STARTRAC算法对T细胞进行动态描绘...
smartseq2得到的两个R1、R2都是测序信息,于是它的操作和我们常规bulk转录组是类似的。可以用hisat2+featureCounts进行操作 需要明确的是:文章表明了6个发育时期、4群细胞、2个发育轨迹这三种细胞属性 首先先下载原始count矩阵https://raw.githubusercontent.com/IStevant/XX-XY-mouse-gonad-scRNA-seq/master/data/...
Smart-seq2建库技术流程图 分析内容: 标准信息分析(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果)高级信息分析定制化信息分析测序质量评估与原始数据过滤,去除接头序列及低质量reads;比对参考基因组或参考基因序列;测序与比对评估:数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性分析;基因表达统计:基因覆盖度,表达量,表达量...
「生信技能树」使用Smart-seq2单细胞转录组数据探索小鼠性腺发育共计14条视频,包括:01-服务器数据处理环境配置、02-下载数据并且比对、03-转录组定量等,UP主更多精彩视频,请关注UP账号。
图.不同单细胞技术的测序质量对比 六种测序方法都有比较好的测序质量,均超过 50% 的数据成功被 mapping到。另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和...