SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可以获得单细胞水平上更详细和全面的基因表达数据。 2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMAR...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq2技术于2013年公布,在单细胞水平对带poly(A)尾巴的RNA分子(主要为mRNA)进行转录组全长扩增及高通量测序的一种高端技术,具体方法采用改进的Smart-seq2技术,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,对转录本的整体覆盖情况进行了完善,实现了高水平的序列模板转换。在分析不同细胞间差异表达之外,还能深入检测...
Smart-seq2可以测少量的细胞和较多的基因,即如果对少量细胞的更全面的基因表达信息感兴趣,可以选择灵敏性高的Smart-seq2.虽然当下最火热的是10×Genomics的海量单细胞技术,但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中,Smart-seq2技术有其独特的价值;在Smart-seq2技术基础上衍生的其它单细胞转录组测序技术为...
Smart-seq2是一种在全转录组范围进行单细胞RNA测序的方法。该方法由Smart-seq改良而来。Smart-seq2与目前最主流的10x Genomics单细胞转录组测序技术在技术层面是一致的,都是对单细胞水平下的转录组进行测序,但两技术所得的测序结果则各有特点。2019年,张泽民教授系统地将10x Genomics Chromium与Smart-seq2进行了比较...
在相同的单个细胞进行单细胞建库,相同的测序深度下,检测单细胞中基因表达数量。结果发现,Smart-seq2 敏感度最好,达到中位数 9138/cell,而最低的是 Drop-seq 和 MARS-seq,分别约为 4811/cell 和 4763/cell。 多个细胞进行实验时的敏感度对比 图.不同数量的细胞进行微量细胞建库时基因检出情况对比 ...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
(smart-seq2) 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全...
比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测...