另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,以提高单细胞RNA测序的效率和覆盖度。Smart-seq2的引物设计更加精确,可以更好地应对低质量RNA样本,并且在捕获基因表达信息时表现更为灵敏。 技术优势 全长转录本测序:获取细胞基因完整转录本信息,准确了解单细胞基因表达谱...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq2的核心原理包括使用莫洛尼鼠类白血病病毒逆转录酶（MMLVRT）进行高效反转录合成cDNA，以及使用模板转换寡核苷酸（TSO）进行模板置换。这些原理确保了更高的覆盖率和精度。基本实验流程涉及单细胞分选、反转录、模板置换、cDNA扩增、文库构建、上机测序及生信分析。在应用领域方面，Smart-seq2技术已应用...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
4)通过测序平台测序 总之,RNA-seq允许在正常和处理过程中对转录组进行高通量的检测,揭示样品间整体转录组水平的动态变化。 本文将简单介绍RNA-Seq建库策略--Smart-seq2的基本原理 smart-seq2流程.png 1.收集细胞 将细胞处理后(胚胎需去除透明带),置于含有RNA酶抑制剂的细胞裂解中,如果不立即进行实验需置于-80℃...
技术原理 SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是由美国和瑞典科学家于2012年共同开发的一种单细胞转录组测序技术,其能够检测mRNA 的全长,从而实现了转录本异构分析分析和 SNV 检测。2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,也是目前...
Smart-seq2技术，以其独特巧妙的逆转录策略，引领着单细胞测序领域的前沿。核心原理在于利用Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase（MMLV-RT）的神奇特性。首先，MMLV-RT在合成cDNA过程中，会在3'端随机引入几个不依赖模板的碱基，如常以胞嘧啶为主，这个看似多余的小动作，实则是科学家们获取...
▲SMART-seq2 技术原理 伯豪生物提供:单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务,伯豪生物单细胞转录组测序优研服务商,24 小时咨询服务热线:021-58955370 1、起始量低:1 个细胞起始,适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。 2、覆盖度高:测序覆盖 cDNA 的全长序列,每个细胞能够获得上万个基因...