Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。 Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免...
2021年3月2日,北京大学张泽民教授团队在Genomics Proteomics Bioinformatics发表了题为Direct Comparative Analyses of 10x Genomics Chromium and Smart-seq2的研究论文。该研究使用Smart-seq2和10x Genomics Chromium两种单细胞转录组测序技术,对一名肝细胞癌 (HCC) 患者的肝癌 (LT) 及其癌旁 (NT) 组织和一名直肠癌...
一、产品介绍 单细胞测序已经给医学科研领域带来了革命性的进展,当下应用最火热的是10× Genomics公司的解决方案,但该技术无法满足某些特殊或者少量细胞样本。Smart-seq2技术可应用于细胞分子机制中细胞异质性研…
SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是由美国和瑞典科学家于2012年共同开发的一种单细胞转录组测序技术,其能够检测mRNA 的全长,从而实现了转录本异构分析分析和 SNV 检测。2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,也是目前最常用的...
Smart-seq2技术在细胞分子机制中细胞异质性研究中发挥重要作用，尤其适用于样本量少的高通量测序情况。经典案例揭示，Björklund等利用Smart-seq2单细胞转录组测序，揭示了人CD127+先天淋巴细胞的异质性。通过分选患者扁桃体组织中的ILCs（Lin−CD127+）和NK cells（CD45+Lin−CD127&#...
Smart-seq2技术是一种用于检测单细胞水平下转录组的高精度、高覆盖率方法，与10x Genomics技术在技术层面具有一致性，但具有更高的灵活性、精度、覆盖率。该技术可以在单细胞水平下进行全长mRNA测序，支持对未知mRNA序列的样品进行检测，最低支持单个细胞或10pg RNA总量为模板。其检测的覆盖率和灵敏度足以...
Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文...
随着测序技术的发展,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术得到了蓬勃的发展,可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,有助于研究细胞间的表达异质性。目前已经有几十种不同的单细胞转录组测序技术相继被开发出来。 2017年的一篇 Molecular Cell 也详细比较比较了各个单细胞测序方法的异同...
1、基于 Smart-seq2的全长mRNA测序, 测序序列比对后能覆盖mRNA全长,不但能够分析基因表达,还能深入分析可变剪切、基因突变等信息。通量低、成本高,适用于样品数量不多的情况。Smart-seq2主要实验步骤:单细胞裂解释放RNA——反转录——扩增——纯化——质检——DNA片段化——构建测序文库——测序——生信分析; ...
Smart-seq2技术能够深入检测细胞内的融合基因、可变剪切、基因位点突变等信息。Smart-seq2的测序流程包括单细胞分离、细胞裂解、RNA反转录、cDNA合成、常规PCR扩增和构建Illumina测序文库。整个过程旨在高效扩增微量细胞样本，提供全面的转录组信息，检测灵敏度高，碱基分辨率可达单碱基水平，实验可控性强。Smart-...