技术简介SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可…
Smart-seq2技术于2013年公布,在单细胞水平对带poly(A)尾巴的RNA分子(主要为mRNA)进行转录组全长扩增及高通量测序的一种高端技术,具体方法采用改进的Smart-seq2技术,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,对转录本的整体覆盖情况进行了完善,实现了高水平的序列模板转换。在分析不同细胞间差异表达之外,还能深入检测...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq2技术于2013年公布,新的方案使用TOS引物在末端加锁核酸(LNA)、更高浓度的Mg2+,以及甜菜碱,提高扩增精准度的同时也提高了产量,也就不再需要纯化步骤,因此只需要50pg级别的RNA即可进行构建测序文库,同时借助改善后的MMLVRT和TSO引物,对转录本的整体覆盖情况进行了完善,实现了高水平的序列模板转换。 Smart-s...
Smart-seq2是一种在全转录组范围进行单细胞RNA测序的方法。该方法由Smart-seq改良而来。Smart-seq2与目前最主流的10x Genomics单细胞转录组测序技术在技术层面是一致的,都是对单细胞水平下的转录组进行测序,但两技术所得的测序结果则各有特点。2019年,张泽民教授系统地将10x Genomics Chromium与Smart-seq2进行了比较...
在相同的单个细胞进行单细胞建库,相同的测序深度下,检测单细胞中基因表达数量。结果发现,Smart-seq2 敏感度最好,达到中位数 9138/cell,而最低的是 Drop-seq 和 MARS-seq,分别约为 4811/cell 和 4763/cell。 多个细胞进行实验时的敏感度对比 图.不同数量的细胞进行微量细胞建库时基因检出情况对比 ...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。