Smart-seq2技术于2013年公布,在单细胞水平对带poly(A)尾巴的RNA分子(主要为mRNA)进行转录组全长扩增及高通量测序的一种高端技术,具体方法采用改进的Smart-seq2技术,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,对转录本的整体覆盖情况进行了完善,实现了高水平的序列模板转换。在分析不同细胞间差异表达之外,还能深入检测...
SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可以获得单细胞水平上更详细和全面的基因表达数据。 2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMAR...
Smart-seq2是一种在全转录组范围进行单细胞RNA测序的方法。该方法由Smart-seq改良而来。Smart-seq2与目前最主流的10x Genomics单细胞转录组测序技术在技术层面是一致的,都是对单细胞水平下的转录组进行测序,但两技术所得的测序结果则各有特点。2019年,张泽民教授系统地将10x Genomics Chromium与Smart-seq2进行了比较...
1、基于 Smart-seq2的全长mRNA测序, 测序序列比对后能覆盖mRNA全长,不但能够分析基因表达,还能深入分析可变剪切、基因突变等信息。通量低、成本高,适用于样品数量不多的情况。Smart-seq2主要实验步骤:单细胞裂解释放RNA——反转录——扩增——纯化——质检——DNA片段化——构建测序文库——测序——生信分析; 2、...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。
测序质量对比 图.不同单细胞技术的测序质量对比 六种测序方法都有比较好的测序质量,均超过 50% 的数据成功被 mapping到。另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对...
Smart-seq2技术是一种用于检测单细胞水平下转录组的高精度、高覆盖率方法，与10x Genomics技术在技术层面具有一致性，但具有更高的灵活性、精度、覆盖率。该技术可以在单细胞水平下进行全长mRNA测序，支持对未知mRNA序列的样品进行检测，最低支持单个细胞或10pg RNA总量为模板。其检测的覆盖率和灵敏度足以...
这项技术在2013年公布，专注于对带poly(A)尾巴的RNA分子进行转录组全长扩增及高通量测序，采用了改进的Smart-seq2方法，实现了高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增，确保了转录本的整体覆盖情况。Smart-seq2技术能够深入检测细胞内的融合基因、可变剪切、基因位点突变等信息。Smart-seq2的测序流程包括单细胞分离...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。
Smart-seq:Smart-seq2的前身是Smart-seq,它是首个用于单细胞转录组测序的方法。Smart-seq的提出可以追溯到2012年,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成。这使得可以获得单细胞水平上更详细和全面的基因表达数据。