技术简介SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可…
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq2技术可应用于细胞分子机制中细胞异质性研究以及解决了因样本量少而无法进行高通量测序的情况。 Smart-seq2技术于2013年公布,在单细胞水平对带poly(A)尾巴的RNA分子(主要为mRNA)进行转录组全长扩增及高通量测序的一种高端技术,具体方法采用改进的Smart-seq2技术,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,对...
Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一步提高，但仍然无法同时满足高通量、高基因检出能力和低成本的需求。为解决这一问题，该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队进一步开发了Smart-seq3xpress技术。图1：Smart-seq3xpress与Smart-seq3...
(smart-seq2) 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
Smart-seq3xpress—全长转录组测序,为您深度解析单细胞 28:38 “新”“新”向荣,求索不止——GEM-X & Flex专题线上讲座 17:18 让AI为科研赋能——百奥智汇“单细胞+AI”主题系列直播第一讲 49:28 所见即所得,视界新选择---Visium HD专题讲座 26:05 百奥智汇“单细胞+AI”主题系列直播第二讲...
SMART-seq检测范围 耐药基因检测范围 技术优势 适用人群 专家共识推荐 1.mNGS技术对临床上低浓度致病微生物可能会漏检,同时针对特定的耐药基因难以分析,可以结合耐药相关基因进行靶向捕获后富集。 2.三代 nanopore 测序长度较长,如耐药基因与微生物之间匹配,则...