技术简介SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可…
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
但细胞分析通量低且成本高。Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一步提高，但仍然无法同时满足高通量、高基因检出能力和低成本的需求。为解决这一问题，该技术的开发者瑞典卡罗林斯卡学院的Rickard团队进一步开发了Smart-seq3xpress技术。图1：Smart...
比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测...
基于SMART（Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template）技术的Smart-seq2是主要的单细胞测序技术之一，具有高灵敏度、全长转录本覆盖度、可检测到稀有转录本等特点，应用场景广泛。图1. Smart-seq2技术流程图[1]但基于平板的Smart-seq2技术，分析通量低且成本较高，在一定程度上阻碍了其应用。为...
提到高通量测序,我们比较熟知的就是RNA-seq,它是通过提取组织、器官以及一群细胞的混合RNA(bulk RNA)进行测序,得到的是一群细胞转录组的平均数据,这往往忽略掉了细胞群体中单个细胞特异表达的基因信息。随着科技的发展以及需求的增加,单细胞测序技术于2009年应运而生,并于2013年被《Science》杂志评为未来几年最值得...
单细胞转录组测序技术,现在常用的是Smart-seq2技术流程和10×Genomics技术流程,两种技术各有优缺点,Smart-seq2技术可以获得完整mRNA的信息,但借助FACS分选一次只能构建96-384个单细胞测序文库;10×Genomics技术可以构建海量的单细胞测序文库(100000级别),但是只能获取mRNA3’端的信息,即只能获取转录本的部分信息。
(smart-seq2) 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全...
(smart-seq2) 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。