基于SMART（Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template）技术的Smart-seq2是主要的单细胞测序技术之一，具有高灵敏度、全长转录本覆盖度等特点，应用场景广泛。但细胞分析通量低且成本高。Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一...
今天跟大家介绍一下易基因的新产品:单细胞转录组测序(smart-seq2)。 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高...
Smart-seq2和10x Genomics Chromium是两种广泛应用于单细胞转录组测序的技术，它们在多个方面存在区别：比...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq其实是可以对单个细胞RNA的基因亚型、等位基因等进行大规模测序,并检测mRNA全长的一种单细胞转录组测序技术,它由美国和瑞典科学家共同开发。这种能够从单细胞生成全长cDNA的测序方案,对于等位基因特异性表达、SNV检测或者剪接变体等深入研究来说,具有里程碑意义。但由于当时的技术限制,怎么可能完美无缺呢?所以...
单细胞转录组测序可以研究细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，揭示组织/器官/生物体内不同细胞类型的组成和功能，目前在胚胎发育、细胞分化、神经科学、肿瘤免疫等领域都有重要的应用。基于SMART（Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template）技术的Smart-seq2是主要的单细胞测序技术之一，具有高灵敏度、...
Smart-seq2技术案例 Björklund 2016年利用Smart-seq2单细胞转录组测序揭示人CD127+先天淋巴细胞的异质性[6]。先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒、细菌和寄生虫的早期免疫反应。这些细胞可以根据细胞表面的...
单细胞测序技术包括10x单细胞测序和smart-seq，两者在用途和目的上略有不同。bulk或smart-seq适用于检测差异基因，尤其是在细胞类型相对单一的情况下，smart-seq能提供更可靠和更丰富的基因数据。而10xGenomics则着重于细胞多样性，能检测组织中不同细胞类型的比例和数目变化。在操作上，smart-seq属于低通量...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是由美国和瑞典科学家于2012年共同开发的一种单细胞转录组测序技术,其能够检测mRNA 的全长,从而实现了转录本异构分析分析和 SNV 检测。2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,也是目前最常用的...