Smart-seq其实是可以对单个细胞RNA的基因亚型、等位基因等进行大规模测序,并检测mRNA全长的一种单细胞转录组测序技术,它由美国和瑞典科学家共同开发。这种能够从单细胞生成全长cDNA的测序方案,对于等位基因特异性表达、SNV检测或者剪接变体等深入研究来说,具有里程碑意义。但由于当时的技术限制,怎么可能完美无缺呢?所以...
基于SMART（Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template）技术的Smart-seq2是主要的单细胞测序技术之一，具有高灵敏度、全长转录本覆盖度等特点，应用场景广泛。但细胞分析通量低且成本高。Smart-seq3是最近发展的单细胞转录组测序新方法，引入分子编码对mRNA进行定量统计，使转录本长度增加，灵敏度进一...
总结来说，10x单细胞测序具有高通量、高效率的优点，并适用于大规模单细胞研究；而smart-seq则具有更高...
Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。 Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
单细胞转录组测序可以研究细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，揭示组织/器官/生物体内不同细胞类型的组成和功能，目前在胚胎发育、细胞分化、神经科学、肿瘤免疫等领域都有重要的应用。基于SMART（Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template）技术的Smart-seq2是主要的单细胞测序技术之一，具有高灵敏度、...
Smart-seq2技术案例 Björklund 2016年利用Smart-seq2单细胞转录组测序揭示人CD127+先天淋巴细胞的异质性[6]。先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒、细菌和寄生虫的早期免疫反应。这些细胞可以根据细胞表面的...
单细胞测序技术包括10x单细胞测序和smart-seq，两者在用途和目的上略有不同。bulk或smart-seq适用于检测差异基因，尤其是在细胞类型相对单一的情况下，smart-seq能提供更可靠和更丰富的基因数据。而10xGenomics则着重于细胞多样性，能检测组织中不同细胞类型的比例和数目变化。在操作上，smart-seq属于低通量...
SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是由美国和瑞典科学家于2012年共同开发的一种单细胞转录组测序技术,其能够检测mRNA 的全长,从而实现了转录本异构分析分析和 SNV 检测。2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,也是目前最常用的...
Smart-seq2和10x这两个单细胞技术是现在初学者进入单细胞领域最需要掌握的,它们代表着单细胞的两个全然不同的发展策略。 绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到,其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述,这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine...