Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
2.Smart-Seq2技术Smart-seq2技术于2013年被发表于《Nature Methods》,在Smart-seq技术基础之上,通过使用一种模板切换引物探针(TSO)并将其3'末端最后一个鸟苷酸替换为锁核酸(locked nucleic acid,LNA),结合更高浓度的Mg2+和甜菜碱,提高扩增精准度的同时产量也跟得上,只需要50pg级别的RNA即可满足构建测序文库的需...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异基...
利用Smart-seq2技术对3792个细胞进行单细胞测序,对脑脊液细胞的基因表达情况进行了全面表征。过滤掉低质量细胞后,文章分析了207个正常脑脊液细胞,41个B细胞,41个T细胞。平均每个细胞检测到803个基因表达。聚类分析发现正常淋巴细胞在不同微环境下具有相似的表达谱。正常脑脊液样本未发现B细胞。 图1. 脑脊液循环肿瘤细胞...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及特有差异基因,结果发现,CD127+ILCs中共有的差异...
采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;Illumina HiSeq 2000 3M reads /样本进行测序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。应用SCDE软件包对4类细胞的差...
Smart-seq2与目前最主流的10x Genomics单细胞转录组测序技术在技术层面是一致的,都是对单细胞水平下的转录组进行测序,但两技术所得的测序结果则各有特点。2019年,张泽民教授系统地将10x Genomics Chromium与Smart-seq2进行了比较分析,发现Smart-seq2技术具有更高精度、更高覆盖率和更高灵活性等特点(详见上期文献...