一、技术原理 Smart-seq技术,全称为Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript,是由美国和瑞典科学家共同开发的一种单细胞转录组测序技术。它利用MMLV逆转录酶的模板转换活性,在cDNA的3’端添加接头序列,并通过特定的TSO引物进行反转录,从而合成完整的cDNA序列。 二、技术迭代 Smart-seq:最初版本,为后...
SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是2012年开发的一种单细胞转录组测序技术,它的原理是通过在反转录过程中引入一个定制引物,将细胞内的RNA转录本进行全长合成,使得可以获得单细胞水平上更详细和全面的基因表达数据。 2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMAR...
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
▲SMART-seq2 技术原理 伯豪生物提供:单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务,伯豪生物单细胞转录组测序优研服务商,24 小时咨询服务热线:021-58955370 1、起始量低:1 个细胞起始,适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。 2、覆盖度高:测序覆盖 cDNA 的全长序列,每个细胞能够获得上万个基因...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
技术原理 SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是由美国和瑞典科学家于2012年共同开发的一种单细胞转录组测序技术,其能够检测mRNA 的全长,从而实现了转录本异构分析分析和 SNV 检测。2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,也是目前...
RNA测序(RNA-seq)是一种用于研究转录组的工具,转录组是存在于一个或一组细胞中的总RNA分子,包括蛋白质编码RNA(mRNA)和调节或非编码RNA(miRNA、tRNA等)。 2.RNA-Seq有什么用? 1)检测并定量样品的转录组水平 2)检测RNA alternative splicing 3)检测transcript isoform ...