为了研究卵巢发育过程中体细胞谱系特征,作者结合Fluidigm C1分选和smartseq2建库,在Tg(Nr5a1-GFP)转基因小鼠性腺分化的6个时期(E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, E16.5, and post-natalday6)提取了663个细胞(GSE119766),然后使用Hiseq2000 进行双端100bp测序,每个细胞测10M reads。 经过比对、定量得到表达矩阵,...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
但也有些单细胞分选平台将上述流程改进为一个完整的模块,可以一步从单细胞悬液获得被捕获的转录本信息,如(FluidigmC1平台)。常见的单细胞分选技术有4种:显微分离、以及微孔microwell-;微液流microfluidic-;微滴droplet;Smart-seq2测序技术一般可以使用流式细胞仪进行分选,一次最大分选细胞通量为96个。 (Kolodziejczy...
随着测序技术的发展,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术得到了蓬勃的发展,可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,有助于研究细胞间的表达异质性。目前已经有几十种不同的单细胞转录组测序技术相继被开发出来。 2017年的一篇 Molecular Cell 也详细比较比较了各个单细胞测序方法的异同...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。2014年“升级换代”成SMART-seq2后,成为几乎每个单细胞测序公司都使用...
近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展使得我们能够大规模地表征不同细胞状态的变化。这些...
张泽民团队通过直接比较两个平台上来自相同CD45细胞样本的scRNA-seq数据,广泛系统地分析评估了各自数据特征。Smart-seq2在细胞中检测到更多的基因和更为复杂的数据集,尤其是丰度较低的转录本以及可变剪切的转录本,但捕获了更高比例的线粒体基...
对于检测到的基因,Smart-seq2数据呈单峰分布,在所有细胞中检测到的低表达基因很少。相比之下,10X的数据由于有大量的接近零表达的基因,呈现出明显的双峰分布,说明10X数据中mRNA在很低的表达水平上有较高的噪声或随机捕获。 基于10X的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点,就是很多基因在某...
基于10x的数据显示出更严重的dropout问题(dropout是scRNA-Seq数据的一大特点，就是很多基因在某些细胞根本...
首先利用10x scRNA-seq分析了从小鼠小肠或肠道类器官中分离的53193个EpCAM+上皮细胞,细胞聚类成15个clusters;利用Smart-seq2分析1522个上皮细胞,验证了10x scRNA-seq的数据,并且每个细胞具有更高的覆盖。聚类分析确定了8个簇,与基于10x的聚类一致,但由于细胞数量较少,肠上皮细胞没有更好地区分开。同时文章分析了...