smartseq2得到的文件和10X的不一样,10X的数据虽然也有R1、R2两个数据,但第一个存储的是barcode和UMI信息,而只有第二个才是真正的测序信息,也就是单端测序;而smartseq2得到的两个R1、R2都是测序信息,于是它的操作和我们常规bulk转录组是类似的。可以用hisat2+featureCounts进行操作;或者如果不想比对的话,也可以...
An easy, scalable, and microfluidics-free workflow makes single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) accessible for more labs View kit Selection Tools Library Prep & Array Kit Selector DesignStudio Custom Assay Designer TruSight Oncology 500 Product Selector NGS Workflow Finder All Selection & Planning Too...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
随着测序技术的发展,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术得到了蓬勃的发展,可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,有助于研究细胞间的表达异质性。目前已经有几十种不同的单细胞转录组测序技术相继被开发出来。 2017年的一篇 Molecular Cell 也详细比较比较了各个单细胞测序方法的异同...
近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展使得我们能够大规模地表征不同细胞状态的变化。这些...
减数分裂的复杂过程;利用scRNA-seq技术分析,重构玉米花粉母细胞减数分裂前的连续表达阶段。进行转录组分析发现:26.7%的转录本在减数分裂前发生了较大的变化。对细胞周期基因表达的分析表明,几乎所有的生殖细胞都在增殖,从而由干细胞生成减数分裂细胞;体细胞分化或减数分裂定型缺陷的突变体表达的转录物通常在延迟后的早期...
张泽民团队通过直接比较两个平台上来自相同CD45细胞样本的scRNA-seq数据,广泛系统地分析评估了各自数据特征。Smart-seq2在细胞中检测到更多的基因和更为复杂的数据集,尤其是丰度较低的转录本以及可变剪切的转录本,但捕获了更高比例的线粒体基因。Smart-seq2数据的组合也更类似于bulk RNA-seq数据。
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。2014年“升级换代”成SMART-seq2后,成为几乎每个单细胞测序公司都使用...
数据来自 (Nestorowa et al. 2016) 的小鼠造血干细胞 haematopoietic stem cell (HSC) ,使用的技术是Smart-seq2 准备数据 library(scRNAseq)sce.nest<-NestorowaHSCData()sce.nest# class: SingleCellExperiment# dim: 46078 1920# metadata(0):# assays(1): counts# rownames(46078): ENSMUSG00000000001# EN...
张泽民团队通过直接比较两个平台上来自相同CD45细胞样本的scRNA-seq数据,广泛系统地分析评估了各自数据特征。 Smart-seq2在细胞中检测到更多的基因和更为复杂的数据集,尤其是丰度较低的转录本以及可变剪切的转录本,但捕获了更高比例的线粒体基因。 Smart-seq2数据的组合也更类似于bulk RNA-seq数据。