该研究使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)与T细胞受体测序(scTCR-seq)配对,分析了接受nICT治疗的ESCC患者的组织,并表征了肿瘤微环境背景。 研究思路 研究结果 在nICT治疗前后,局部晚期ESCC的TME以复杂和异质性细胞群为特征 为了描述ESCC对nICT治疗反应不同的TME特征,使用scRNA-seq和scTCR-seq分析了18例接受nICT治疗的ESCC...
综上所述,T-LGLL中的CTL扩增与TCR多样性降低和T细胞活化增加有关。 图3. TCR的使用和激活状态与T细胞表型有关 4.T-LGLL中细胞存活和凋亡基因程序的异常利用GSEA来探索T-LGLL的变化,发现患者上调的基因在免疫应答和有关细胞存活的信号通路和细胞增殖中高度富集,而T-LGLL中表达较低的基因在细胞凋亡途径中富集。
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库...
Stankiewicz等人利用ATAC-Seq、CITE-seq和CODEX技术,结合分析,确定了HC周围的髓质区域,并确定了与负选择、交叉呈现和mTEC成熟有关的几个生态位。Yayon等人则通过更全面的方法,结合scRNA-seq、CITE-seq、scTCR-seq及多种空间技术,构建了人类胸腺从产前到产后的连续空间图谱。他们利用皮质-髓质轴(CMA)作为参照,将不同...
配对的scRNA-seq和scTCR-seq分析发现,大脑中的克隆扩增增加,在5xFAD小鼠中高度扩增的CD8+T细胞克隆,特别是克隆型大小>20的CD8+T细胞克隆占脑CD8+T细胞总数的比例更大(图4a)。鉴定出了8个亚簇(图4b,c),其中许多亚簇包含以高表达Pdcd1为特征的扩展克隆型,尤其是亚簇2(图4d,e)。此外,5xFAD小鼠的脑PD-1+CD8...
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库的多样性,患者明显低于健康供者。CDR3的异常尺寸...
通过单细胞免疫组库测序 (scTCR-seq) 和单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 的结合,我们在这些克隆型中鉴定出一种约 600 倍的单克隆扩增克隆型。它还在OT-1小鼠模型中被证实在体内也具有适用性。此外,通过 APC-mimic 扩增的 T 细胞可有效抑制过继细胞转移 (ACT) 小鼠模型中的肿瘤生长。这些发现为个性化治疗的 ...
本研究根据人类的跨年龄层和不同衰老衰弱的机体功能进行分类,结合scRNA-seq、scTCR-seq和抗体蛋白测序的综合分析,可以更好地区分不同年龄层之间,以及正常衰老和不健康衰老群体之间的细胞表型差异和发育机制,挖掘人类免疫衰老的特征。T细胞亚群间的TCR共享克隆型,随着衰老和衰弱程度的加深而丰富,证实了T细胞组库的强可塑...
通过分选TCRb + RFP +细胞和应用INs - seq方案,分选抗体染色的TCRb + Foxp3 +细胞,富集Foxp3 - RFP颈部淋巴结中的Treg细胞,从未固定的Foxp3 - RFP +和固定的Foxp3 +细胞中构建Sc RNA - seq文库。对5483个细胞的scRNA - seq数据进行分析,创建了Foxp3 +固定和RFP +未固定样本中的细胞类型图谱(图3),...
通过分选TCRb + RFP +细胞和应用INs - seq方案,分选抗体染色的TCRb + Foxp3 +细胞,富集Foxp3 - RFP颈部淋巴结中的Treg细胞,从未固定的Foxp3 - RFP +和固定的Foxp3 +细胞中构建Sc RNA - seq文库。对5483个细胞的scRNA - seq数据进行分析,创建了Foxp3 +固定和RFP +未固定样本中的细胞类型图谱(图3),...