该研究使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)与T细胞受体测序(scTCR-seq)配对,分析了接受nICT治疗的ESCC患者的组织,并表征了肿瘤微环境背景。 研究思路 研究结果 在nICT治疗前后,局部晚期ESCC的TME以复杂和异质性细胞群为特征 为了描述ESCC对nICT治疗反应不同的TME特征,使用scRNA-seq和scTCR-seq分析了18例接受nICT治疗的ESCC...
期刊:Nature Communications (IF:14.919) 技术:scRNA-seq 导读T大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)是一种对免疫抑制疗法有反应的淋巴增生性疾病和骨髓衰竭综合症。本文对13名患者的CD3+T细胞(在阿仑单抗治疗前…
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库...
Stankiewicz等人利用ATAC-Seq、CITE-seq和CODEX技术,结合分析,确定了HC周围的髓质区域,并确定了与负选择、交叉呈现和mTEC成熟有关的几个生态位。Yayon等人则通过更全面的方法,结合scRNA-seq、CITE-seq、scTCR-seq及多种空间技术,构建了人类胸腺从产前到产后的连续空间图谱。他们利用皮质-髓质轴(CMA)作为参照,将不同...
配对的scRNA-seq和scTCR-seq分析发现,大脑中的克隆扩增增加,在5xFAD小鼠中高度扩增的CD8+T细胞克隆,特别是克隆型大小>20的CD8+T细胞克隆占脑CD8+T细胞总数的比例更大(图4a)。鉴定出了8个亚簇(图4b,c),其中许多亚簇包含以高表达Pdcd1为特征的扩展克隆型,尤其是亚簇2(图4d,e)。此外,5xFAD小鼠的脑PD-1+CD8...
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库的多样性,患者明显低于健康供者。CDR3的异常尺寸...
2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及TCR,揭示了适应性T细胞的可塑性和基因组改变决定了急性髓性白血病对PD-1阻断的反应。 健康和AML BM的细胞类型差异 作者对8个AML的22个(治疗前8...
与通过T细胞活性异体干细胞移植对急性骨髓性白血病的治疗效果相比,检查点阻断疗法只能获得适度的反应,这可能是由T细胞表型和T细胞受体(TCR)重组造成的。2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及TCR,揭示了适应性T细胞的可塑性和基因组改变决定了急性髓性白血病对PD-1阻断...
新辅助免疫治疗是治疗食管鳞状细胞癌(ESCC)的一种有前景的策略。 本研究对10例接受新辅助免疫治疗和化疗的患者样本进行scRNA-Seq、scTCR/scBCR测序、mIHC等。研究结果发现应答者中:GZ…
通过以上过程得到了scTCR 和 scRNA数据结合在一起的sce.T文件,接下来使用APackOfTheClones进行可视化展示。通过各个cluster/celltype中圈的大小代表clone size的大小 。 3.1 默认参数 #不管用Idents(sce.T) <- "celltype"p0 <- vizAPOTC(sce.T, verbose = FALSE)p0 ...