单细胞RNA测序（Single cell RNA sequencing, scRNA-seq）是一种在单细胞水平上利用RNA测序对特定细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术；空间转录组测序（Spatial Transcriptomics sequencing, ST-seq）是一种将测序和成像技术相结合，用于检测整个组织空间系统中所有或大多数基因表达水平的方法。前列腺癌的致病机制...
要搞懂什么是scRNA-seq,我们先了解一下bulk RNA-seq。🥳 RNA-seq用于由细胞混合物组成的样本中,称为bulk RNA-seq,常用于研究control/diseased、wild-type/mutant之间的转录组差异。 然而,使用bulk RNA-seq,我们只能估计每个基因在细胞群中的平均表达水平☹️,没有考虑该样本中单个细胞基因表达的异质性。 举个...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱,旨在揭示单个细胞内的基因表达水平,了解细胞异质性和功能多样性。 二、细胞捕获与技术重复——如何准备测序样本? (1)测序样本的准备 注: 1.Bulk RNA-Seq: 每一个组织切片被视为一个样本,可以取多个切片进行分析,因此可以进行重复实验以提...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种强大的技术,用于研究细胞的异质性。在某些情况下,为了提高测序的效率或降低成本,可能会采用不同样本或不同物种的单细胞混样上机。以下是混样上机的一些优缺点以及数据拆分时的要点: 混样上机的优点: 成本效益:通过合并多个样本,可以降低每个样本的测序成本。 提高测序效率:可以同时收...
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq),简单从字面理解,就是一种在单细胞水平上对转录组进行测序分析的技术。目前,这项技术已经得到了广泛地应用,并在应用中不断地快速发展,成为我们研究细胞类别、疾病发生过程等问题的有力工具。 为什么要用scRNA-seq? 传统的批量测序(bulk RNA sequencing)有一...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。
scRNA-seq 1)单细胞悬液制备:将样品制备成单细胞悬液、调整合适的单细胞悬液浓度 2)单细胞分离:通过液滴微流控口吸管进行液滴生成,捕获mRNA。 3)逆转录:将生成的液滴经过破乳后,构建逆转录反应体系完成 RNA 反转录。 4)二链合成:将反转录产物利用二链合成反应体系进...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
一般来说,我们先对scRNA-seq数据聚类和注释,然后通过scRNA-seq注释结果再对scATAC-seq数据进行注释,最后我们将scRNA-seq+scATAC-seq数据整合,得到单个细胞中的基因表达和染色质开放性数据,通过WNN算法将相似的细胞聚类到一起,形成两组学整合的细胞图谱。从整合的细胞图谱中我们可以研究两组学的一致性,发现两组学一致的...