该研究使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)与T细胞受体测序(scTCR-seq)配对,分析了接受nICT治疗的ESCC患者的组织,并表征了肿瘤微环境背景。 研究思路 研究结果 在nICT治疗前后,局部晚期ESCC的TME以复杂和异质性细胞群为特征 为了描述ESCC对nICT治疗反应不同的TME特征,使用scRNA-seq和scTCR-seq分析了18例接受nICT治疗的ESCC...
期刊:Nature Communications (IF:14.919) 技术:scRNA-seq 导读T大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)是一种对免疫抑制疗法有反应的淋巴增生性疾病和骨髓衰竭综合症。本文对13名患者的CD3+T细胞(在阿仑单抗治疗前…
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库...
scRNA-seq和TCR-seq的结合研究揭示了γδ T细胞发育的分化点及CD34+CD4+亚群作为其主要前体。这些γδ T细胞具有独特的基因表达和染色质景观。进一步研究显示,胎儿和儿童胸腺中的γδ T细胞亚群在效应类型和发育轨迹上存在差异,而成熟的Vγ9Vδ2 T细胞则表现出免疫应答的潜力。此外,研究还鉴定了一个多克隆的非常规...
配对的scRNA-seq和scTCR-seq分析发现,大脑中的克隆扩增增加,在5xFAD小鼠中高度扩增的CD8+T细胞克隆,特别是克隆型大小>20的CD8+T细胞克隆占脑CD8+T细胞总数的比例更大(图4a)。鉴定出了8个亚簇(图4b,c),其中许多亚簇包含以高表达Pdcd1为特征的扩展克隆型,尤其是亚簇2(图4d,e)。此外,5xFAD小鼠的脑PD-1+CD8...
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库的多样性,患者明显低于健康供者。CDR3的异常尺寸...
与通过T细胞活性异体干细胞移植对急性骨髓性白血病的治疗效果相比,检查点阻断疗法只能获得适度的反应,这可能是由T细胞表型和T细胞受体(TCR)重组造成的。2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及...
与通过T细胞活性异体干细胞移植对急性骨髓性白血病的治疗效果相比,检查点阻断疗法只能获得适度的反应,这可能是由T细胞表型和T细胞受体(TCR)重组造成的。2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及TCR,揭示了适应性T细胞的可塑性和基因组改变决定了急性髓性白血病对PD-1阻断...
通过分选TCRb + RFP +细胞和应用INs - seq方案,分选抗体染色的TCRb + Foxp3 +细胞,富集Foxp3 - RFP颈部淋巴结中的Treg细胞,从未固定的Foxp3 - RFP +和固定的Foxp3 +细胞中构建Sc RNA - seq文库。对5483个细胞的scRNA - seq数据进行分析,创建了Foxp3 +固定和RFP +未固定样本中的细胞类型图谱(图3),...
Today, we do multiple samples of scRNA-seq. 用户11153857 2024/07/06 970 scTCR+scRNA | APackOfTheClones - umap坐标下球形展示celltype的clone size 数据clonesize函数可视化 APackOfTheClones 是2021年的Single-cell analysis pinpoints distinct populations of cytotoxic CD4+ T cells and an IL-10+CD109...