该研究使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)与T细胞受体测序(scTCR-seq)配对,分析了接受nICT治疗的ESCC患者的组织,并表征了肿瘤微环境背景。 研究思路 研究结果 在nICT治疗前后,局部晚期ESCC的TME以复杂和异质性细胞群为特征 为了描述ESCC对nICT治疗反应不同的TME特征,使用scRNA-seq和scTCR-seq分析了18例接受nICT治疗的ESCC...
期刊:Nature Communications (IF:14.919) 技术:scRNA-seq 导读T大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)是一种对免疫抑制疗法有反应的淋巴增生性疾病和骨髓衰竭综合症。本文对13名患者的CD3+T细胞(在阿仑单抗治疗前…
scRNA-seq和TCR-seq的结合研究揭示了γδ T细胞发育的分化点及CD34+CD4+亚群作为其主要前体。这些γδ T细胞具有独特的基因表达和染色质景观。进一步研究显示,胎儿和儿童胸腺中的γδ T细胞亚群在效应类型和发育轨迹上存在差异,而成熟的Vγ9Vδ2 T细胞则表现出免疫应答的潜力。此外,研究还鉴定了一个多克隆的非常规...
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库...
在目前的研究中,scTCR-seq在鉴定top克隆方面与流式细胞术和CDR3测序的相同病例的结果一致,但分辨率更高。通过绘制每个V和J基因匹配的细胞数量显示患者表现出的克隆扩增。与健康供者相比,患者样本中TCR的基尼指数明显更高。通过计算香农熵(H)指数来评估每个样本TCR库的多样性,患者明显低于健康供者。CDR3的异常尺寸...
The combination of scTCR-Seq with scRNA-seq will enhance the accuracy of predicting neoAg-specific TCRs. Conclusions We have successfully established a methodology to simultaneously identify true neoAgs and their corresponding TCRs. These neoAg-specific TCRs hold potential for application in TCR-T...
与通过T细胞活性异体干细胞移植对急性骨髓性白血病的治疗效果相比,检查点阻断疗法只能获得适度的反应,这可能是由T细胞表型和T细胞受体(TCR)重组造成的。2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及...
1、INs-Seq:一种整合scRNA - Seq和细胞内蛋白质测量的技术 在该方案中,细胞使用基于甲醇和硫酸铵溶液的固定液固定和渗透,这些固定液沉淀蛋白质,抑制酶活性,并使RNA保存和免疫细胞内染色。然后,透化的细胞可以用荧光基团偶联的抗体在细胞内标记,并根据其细胞内荧光信号强度由荧光激活细胞分类术( FACS )进行分选,然...
与通过T细胞活性异体干细胞移植对急性骨髓性白血病的治疗效果相比,检查点阻断疗法只能获得适度的反应,这可能是由T细胞表型和T细胞受体(TCR)重组造成的。2021年,Abbas等人对配对的单细胞RNA和TCR进行了分析,通过比较PD-1阻断治疗前后的转录组及TCR,揭示了适应性T细胞的可塑性和基因组改变决定了急性髓性白血病对PD-1阻断...
在这里,研究人员通过结合scRNA-seq、scTCR/BCR-seq和CyTOF分析,研究了外周免疫细胞在人类整个生命周期的发育、成熟和衰老过程中的细胞类型组成、转录和蛋白质谱、细胞间相互作用(CCI)…