为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
How does GEM-X help you detect fragile, low RNA–content cells? GEM-X增加了对脆弱、低RNA含量细胞的检测,扩大了发现潜力。由于细胞在GEM-X微流控芯片中的通道中移动得更快,脆弱的细胞在悬浮中的时间更短,可以被保存下来;高灵敏度确保检测到低RNA含量的细胞。 捕获这些细胞增加了原先技术无法捕获的细胞类型...
研究人员针对 scRNA-seq 数据血液污染问题,开发 Originator 工具分离免疫细胞,提升数据质量。 在生命科学研究中,单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)技术为探索复杂组织的细胞奥秘打开了一扇窗。然而,在对复杂(如胎盘)或天然混合(如肿瘤)组织进行 scRNA-seq 数据分析时,却遇到了大麻烦。很多组织里都有血管,这就导致 scRNA-...
搬运,这个是详细版的单细胞测序,这个视频详细介绍了单细胞测序和整体的RNA-seq 也就是转录组测序的区别。这个老哥有点印度口音哈哈哈哈, 视频播放量 1927、弹幕量 4、点赞数 62、投硬币枚数 27、收藏人数 175、转发人数 24, 视频作者 爱科研的医学生Vivian, 作者简介 要做
近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,非常有利于研究细胞间的表达异质性。 目前单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)已经广泛应用于各类物种(特别是人、小鼠等)的不同类型组织和细胞系,包括正常和病变细胞等。自从...
602 0 48:10 App 对于RNAseq基因集数据如何执行Gsea分析 440 0 12:29 App 批量bulk测序与单细胞bulk测序的入门指南 364 0 12:01 App Aucell的单细胞基因集活性 4728 0 31:51 App RNAseq数据中Fastq到count教程 287 0 24:33 App RNAseq实验设计 2681 0 01:18:50 App 单细胞数据分析完整流程 333 0 40...
单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例如细胞图谱,表达特征等)。目前该领域涌现了一大批用于单细胞RNA测序分析的方法,随着越来越多方法的出现,如何选择和组合使用这些方...
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...
CEL-seq2优化了反转引物的长度,并使用SuperScript II Double-Stranded cDNA Synthesis Kit来进行一链,二链的合成(上一篇推文有同学问到二链合成的问题,这里介绍下,cDNA第二链合成的原理是用RNase H使RNA-DNA杂合链中的RNA产生切口,再用DNA Polymerase I通过切口平移(nick translation)反应进行RNA链取代合成cDNA第二...
在一篇发表于《RAPID COMMUNICATION》的“单细胞核RNA测序比单细胞RNA测序可以发现更多小鼠肾脏纤维细胞稀少的细胞类型和未知的细胞状态”文章中提到,采用 DropSeq,DroNc-seq和10xChromium平台(平台差异详见Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems)分别进行单细胞和单细胞核...