FastQ 是大部分最原始scRNASeq的数据,所有的单细胞RNA-seq测序数据都是双端paired-end测序,barcode序列可能会出现在一个read或者两个reads内(依据使用protocol的不同),但是使用UMI的方法产生的数据,一个read会包含UMI/barcode/adapters但是由于测序长度原因会不包含转录本序列,所以这个方法后续的处理是以单端测序的形式处...
为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
所以single cell RNA-seq的技术也应运而生,这种技术首先由M Azim Surani及汤富酬创建于2009年,发表于NATURE METHOD:Tang, Fuchou, Catalin Barbacioru, Yangzhou Wang, Ellen Nordman, Clarence Lee, Nanlan Xu, Xiaohui Wang, et al. 2009. “mRNA-Seq Whole-Transcriptome Analysis of a Single Cell.” Nat...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
Bulk cell isolation and RNA preparation For bulk cell RNAseq, single-cell suspensions of day 5 thymi of BALB/cByJ mice were stained with anti-TCRγδ (GL3) and other surface markers and sorted using a Moflo-XDP (Beckman Coulter). TRIzol (Life Technologies)-chloroform (Sigma) extraction ...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 摘要 这篇文章主要阐述了一个典型的单细胞 RNA-seq 分析的详细流程,包括了以下流程: pre-processing -数据预处理 quality control -质量控制 normalization -数据标准化 data correction -数据修正(batch correction, noise correction, etc.) ...
然而,利用高度敏感的单核或单细胞RNA-seq,研究人员可以分析活跃分化细胞样本中单个细胞的转录物水平,从而为研究人员提供解析瞬时细胞状态所需的分辨率。识别这些短暂的转变可以帮助我们提高对发育生物学、衰老的理解,并确定最有效的细胞群进行细胞治疗。 Chromium GEM-X provides improved cell recovery efficiency. Cell ...
此外,我们还为 GPT-4 的自动细胞类型注释开发了 R 软件包 GPTCelltype。 细胞类型注释是单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 分析的基本步骤。 这个过程通常既费力又耗时,需要人类专家将每个细胞簇中高表达的基因与典型细胞类型标记基因进行比较。 尽管自动化细胞类型注释方法已经开发出来(补充表1),但使用标记基因的手动...