为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorialwww.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746 单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例...
5. To identify these celltype-specific eQTLs using an unbiased approach, we used single-cell RNA sequencing to generate expression profiles of ~25,000 peripheral blood mononuclear cells from 45 donors. We identified previously reported cis-eQTLs, but also identified new celltype-specific cis-eQTLs...
enabling partitioning, cell lysis, and barcoding of cellular information. These barcoded transcripts are then amplified and converted into libraries compatible with Illumina or other short-read sequencing platforms. After
研究人员针对 scRNA-seq 数据血液污染问题,开发 Originator 工具分离免疫细胞,提升数据质量。 在生命科学研究中,单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)技术为探索复杂组织的细胞奥秘打开了一扇窗。然而,在对复杂(如胎盘)或天然混合(如肿瘤)组织进行 scRNA-seq 数据分析时,却遇到了大麻烦。很多组织里都有血管,这就导致 scRNA...
【生信技术】测序数据差异表达分析|导入、加载、整理、分析,RNA-Seq数据的差异分析操作,跟着操作你就对了 231 -- 33:57 App Integrate single-cell RNA-Seq datasets in R using Seurat (CCA) 575 -- 12:56 App (字幕)Single Cell RNA Seqencing(scRNAseq)原理 - Finding a cure for DIPG 1028 -- 9:...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
Here we use deep single-cell RNA sequencing (scRNAseq) together with other experimental approaches to investigate fate choices, lineage relationships and molecular determinants during early stages of sensory neurogenesis in the mouse. Overall, our data provide insights into the structure of the Waddingto...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...