由于dCas复合体和靶基因位置的结合,sgRNA可以在RNA-Seq文库构建的时候,共价结合到靶基因序列后。形成3端的特定序列。和5端的CBC作为高通量测序扩增子的一对接头序列。 CRISPRi+单细胞测序 基因功能筛选平台 工作流程: 1, Load complex pool of CRISPRi perturbed cells transduced with sgRNA and GBCs. 建立CRISPR...
-转染或转化:将文库转入细胞或生物体中,进行基因编辑实验。 -功能性测试:通过分子生物学实验(如西方印迹、PCR、RNA-seq等)验证sgRNA的功能,确保它们能够诱导预期的基因编辑事件。 6. 数据分析 -生物信息学分析:收集编辑后的细胞或生物体的数据,使用生物信息学工具分析基因编辑的结果。 -基因功能推断:根据编辑结果推...
3、经过流式细胞术FACS分拣过的细胞,进入单细胞ATAC-Seq的高通量测序步骤,生信分析启动子及下游级联被调控的扰动情况。 B:sgRNA(列)与单细胞(行)的热图,表明与RNA-Seq每个sgRNA相关的所有测序序列读取Reads的比例。用于评估干扰序列的表达。 细胞系的构建是分化上层级的细胞,感染慢病毒sgRNA序列特征可以作为细胞分化...
规划高效的CRISPR筛选始于针对感兴趣的基因或位点的sgRNA文库的设计。然后合成与sgRNA设计相对应的寡核苷酸池，并将其克隆到载体中以表达sgRNA，或转录成RNA以在将进行筛选的细胞系统中转染。合理、高效的sgRNA文库设计是进行基因组/代谢通路编辑的重要前提，sgRNA文库结合高通量筛选技术在药物研发、基因功能研究、分子诊断...
规划高效的CRISPR筛选始于针对感兴趣的基因或位点的sgRNA文库的设计。然后合成与sgRNA设计相对应的寡核苷酸池,并将其克隆到载体中以表达sgRNA,或转录成RNA以在将进行筛选的细胞系统中转染。 合理、高效的sgRNA文库设计是进行基因组/代谢通路编辑的重要前提,sgRNA文库结合高通量筛选技术在药物研发、基因功能研究、分子诊断、...
MTT检测 LncRNA测序 液相色谱LC/MS 细胞凋亡检测 全基因组测序 核磁共震NMR 细胞周期检测 RNA-Seq测序 细胞克隆形成实验 外显子测序 影像学相关实验 Transwell细胞迁移/侵袭 16s扩增子测序 Micro-CT 流式分选 Small RNA测序 小动物活体成像 CCK8/XTT检测 宏基因组测序 核磁共振 台盼蓝检测细胞活性 单细胞测序 ...
整合分析在单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作中扮演着关键角色，特别是在处理复杂细胞类型时，如跨实验批次、供体或条件的数据集整合。这一过程有助于识别并匹配共享的细胞类型和状态，从而增强统计能力并促进跨数据集的准确比较。Seurat软件在整合分析中扮演着重要角色，特别是在早期版本中引入了基于锚点的方...
规划高效的CRISPR筛选始于针对感兴趣的基因或位点的sgRNA文库的设计。然后合成与sgRNA设计相对应的寡核苷酸池,并将其克隆到载体中以表达sgRNA,或转录成RNA以在将进行筛选的细胞系统中转染。 合理、高效的sgRNA文库设计是进行基因组/代谢通路编辑的重要前提,sgRNA文库结合高通量筛选技术在药物研发、基因功能研究、分子诊断、...
缺乏设计引导RNA(sgRNA)的有效生物信息学工具,是CRISPR/Cas9应用面临的一大问题。为了解决这一迫切的需要,华盛顿大学的王小伟(Xiaowei Wang)博士领导研究团队揭示了功能性引导RNA的特点,为人们提供了设计引导RNA的新工具。他们对CRISPR RNA-seq数据进行分析,鉴定了许多代表高效sgRNA的新特征。研究人员此基础上开发的生物信...
规划高效的CRISPR筛选始于针对感兴趣的基因或位点的sgRNA文库的设计。然后合成与sgRNA设计相对应的寡核苷酸池,并将其克隆到载体中以表达sgRNA,或转录成RNA以在将进行筛选的细胞系统中转染。 合理、高效的sgRNA文库设计是进行基因组/代谢通路编辑的重要前提,sgRNA文库结合高通量筛选技术在药物研发、基因功能研究、分子诊断、...