snRNA-seq是单细胞核酸测序(single nucleus RNA sequencing)的一种方法,它可以用于在单个细胞核级别上研究细胞表型。相比于传统的单细胞RNA测序,单个细胞核的RNA可以更容易地被捕获,因此可以更好地保留细胞的原始特性,并且不会受到细胞溶解等因素的影响。 在snRNA-seq中,单个核被包裹在胶体颗粒中,其中包含了反转录和...
(5)测序及数据分析 作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆...
通过单核RNA测序技术（sn-RNA-seq，使用10x平台），一项新研究揭示了小鼠脊髓中胆碱能神经元类型的出人意料的多样性，该研究发表在影响因子为12.121的期刊上。研究者针对12只小鼠脊髓（分为4组，每组3个重复）进行了细致的实验，其中采用优化的单细胞核悬液制备方法，包括动物模型解剖取材、抽核、FACS...
1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。 2.snRNA-seq(Single-nucleus RNA sequencing)是一种用于测定细胞核中RNA分子的技术。它通过将细胞核从细胞中分离出来,然后进行RNA提取、转录本扩增和测序...
技术:单细胞核RNA测序(sn-RNA-seq); 平台:10x; 样本:小鼠脊髓(12只,4组,每组3重复); 单细胞核悬液制备方法:以文献(PMID:29466745)方法为基础进行优化,详见原文。(伯豪生物针对单细胞抽核实验现有一款商业化试剂盒在售,若有需求可咨询驻地销售或拨打上海伯豪生物客户服务热线:021-58955370) ...
图4-1 | snRNA-seq和snATAC-seq整合数据中的心肌细胞亚群 图片说明: a) 心肌细胞亚群; b) ANKRD1 和 NPPB 的基因表达; c) 左:vCM3 marker基因的 smFISH 染色。右: NPPB 和 ANKRD1 相对于 TNNT2 信号的定量。双侧 Wilcoxon 秩和检验; d) 应激 vCM3细胞的比例。Wilcoxon 秩和检验(肌源性: n = 13...
1. RNA提取:使用专门的RNA提取试剂盒,从单个细胞中提取高质量的RNA。 2. cDNA合成:利用反转录酶将RNA反转录为cDNA。 3.文库构建:通过一系列酶促反应和连接反应,构建适合测序的cDNA文库。 五、测序阶段。 1.文库质检:对构建好的文库进行质量检测,确保文库的质量和浓度符合测序要求。 2.上机测序:将合格的文库加载...
对于单细胞数据,我们通常指的是 scRNAseq 或 snRNAseq。 我们首先 mapping MOp 10Xv3 数据集,其中包含从初级运动皮层后部区域收集的单核。 它们是大约 26k 个具有 28k 个基因的 profiled 细胞。 path = os.path.join('data/without','mop_sn_tutorial.h5ad') ...
R语言分析snRNAseq 微生物数据统计分析简介 3.1 人类微生物研究的主题和假设 两大主题,分别是:1)微生物特征和基因的、生物的、临床的和实验条件;2)与微生物组成可能相关的生物和环境因子 目标:理解宿主遗传——环境因子的机制,在调节微生物组成和疾病方面,可能对治疗策略有所帮助。
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞...