(5)测序及数据分析 作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆...
每个基因都是一个乐器，而RNA-seq数据就是记录了演奏过程中每个乐器的声音大小。通过分析RNA-seq数据，...
总之,作者的数据提供了对这一重要的神经元群体的转录组学描述,这些神经元控制着生理和运动的许多方面,并包括衰弱退行性疾病的细胞底物。 技术:单细胞核RNA测序(sn-RNA-seq); 平台:10x; 样本:小鼠脊髓(12只,4组,每组3重复); 单细胞核悬液制备方法:以文献(PMID:29466745)方法为基础进行优化,详见原文。(伯豪生物...
1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。 2.snRNA-seq(Single-nucleus RNA sequencing)是一种用于测定细胞核中RNA分子的技术。它通过将细胞核从细胞中分离出来,然后进行RNA提取、转录本扩增和测序...
图4-1 | snRNA-seq和snATAC-seq整合数据中的心肌细胞亚群 图片说明: a) 心肌细胞亚群; b) ANKRD1 和 NPPB 的基因表达; c) 左:vCM3 marker基因的 smFISH 染色。右: NPPB 和 ANKRD1 相对于 TNNT2 信号的定量。双侧 Wilcoxon 秩和检验; d) 应激 vCM3细胞的比例。Wilcoxon 秩和检验(肌源性: n = 13...
单细胞技术,特别是单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法,加上相关的计算工具和日益增长的公共数据资源的可用性,正在改变药物的发现和开发。通过细胞亚型的分析改善了人们对疾病的进一步的了解,并在靶标鉴定方面出现了新的机会,结合了scRNA-seq的高度多元化的功能基因组学筛查进一步加强了靶标的认定和优先排序。在临床开发中,...
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞...
R语言分析snRNAseq 微生物数据统计分析简介 3.1 人类微生物研究的主题和假设 两大主题,分别是:1)微生物特征和基因的、生物的、临床的和实验条件;2)与微生物组成可能相关的生物和环境因子 目标:理解宿主遗传——环境因子的机制,在调节微生物组成和疾病方面,可能对治疗策略有所帮助。
对于单细胞数据,我们通常指的是 scRNAseq 或 snRNAseq。 我们首先 mapping MOp 10Xv3 数据集,其中包含从初级运动皮层后部区域收集的单核。 它们是大约 26k 个具有 28k 个基因的 profiled 细胞。 path = os.path.join('data/without','mop_sn_tutorial.h5ad') ...
在这项研究中,Vanderbilt University医学部的研究人员使用27对肿瘤样本及其匹配的正常样本的WES和RNA-Seq数据,研究了SNV检测中技术和生物学上的不一致性。他们分析了三类SNVs: (1)仅在WES中检测到的 (2)仅在RNA-Seq中检测到的 (3)在两者中均检测到的。