研究团队通过比较snRNA-seq数据和bulk RNA-seq数据,发现了一系列标记基因,这些基因在气孔发育的不同阶段特异性表达。通过分析ZmMUTE突变体的bulk RNA-seq数据,研究团队进一步验证了这些标记基因的表达模式,并发现ZmMUTE可能通过调控这些基因来影响气孔发育。这些结果为理解ZmMUTE在气孔发育中的调控作用提供了详细的框架,...
通过单核RNA测序技术（sn-RNA-seq，使用10x平台），一项新研究揭示了小鼠脊髓中胆碱能神经元类型的出人意料的多样性，该研究发表在影响因子为12.121的期刊上。研究者针对12只小鼠脊髓（分为4组，每组3个重复）进行了细致的实验，其中采用优化的单细胞核悬液制备方法，包括动物模型解剖取材、抽核、FACS...
以单细胞 RNA 测序（single-cell RNA-seq，简称 scRNA-seq）数据分析为例，主要包括以下三个部分：1....
1. RNA提取:使用专门的RNA提取试剂盒,从单个细胞中提取高质量的RNA。 2. cDNA合成:利用反转录酶将RNA反转录为cDNA。 3.文库构建:通过一系列酶促反应和连接反应,构建适合测序的cDNA文库。 五、测序阶段。 1.文库质检:对构建好的文库进行质量检测,确保文库的质量和浓度符合测序要求。 2.上机测序:将合格的文库加载...
snRNA-seq和snATAC-seq数据的整合鉴定了来自所有主要血管床的5种内皮细胞亚型,即毛细血管内皮细胞,动脉内皮细胞,静脉内皮细胞,淋巴和心内膜内皮细胞(图5a)。富含肌源性,缺血性和富含纤维化的样品中细胞比例的分析揭示了缺血样品中毛细血管内皮细胞的减少(图5b),此外,淋巴管内皮细胞在缺血区域显著增加,表明在心脏...
技术:单细胞核RNA测序(sn-RNA-seq); 平台:10x; 样本:小鼠脊髓(12只,4组,每组3重复); 单细胞核悬液制备方法:以文献(PMID:29466745)方法为基础进行优化,详见原文。(伯豪生物针对单细胞抽核实验现有一款商业化试剂盒在售,若有需求可咨询驻地销售或拨打上海伯豪生物客户服务热线:021-58955370) ...
对于单细胞数据,我们通常指的是 scRNAseq 或 snRNAseq。 我们首先 mapping MOp 10Xv3 数据集,其中包含从初级运动皮层后部区域收集的单核。 它们是大约 26k 个具有 28k 个基因的 profiled 细胞。 path = os.path.join('data/without','mop_sn_tutorial.h5ad') ...
R语言分析snRNAseq 微生物数据统计分析简介 3.1 人类微生物研究的主题和假设 两大主题,分别是:1)微生物特征和基因的、生物的、临床的和实验条件;2)与微生物组成可能相关的生物和环境因子 目标:理解宿主遗传——环境因子的机制,在调节微生物组成和疾病方面,可能对治疗策略有所帮助。
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
他们发现在WES和RNA-Seq中检测到的SNVs有很小的重叠(约14%),仅在WES中检测到的SNVs主要由于其低覆盖度、低表达或它们位于RNA-Seq数据中的非转录链,而只在RNA-Seq中检测到的SNVs主要因其位置超出了WES检测边界(这一部分约占71%),以及区域覆盖度低、突变等位基因覆盖率低或RNA编辑。两种技术共享的SNVs在WES...