scRNA-seq和snRNA-seq都是单细胞级别的RNA测序方法,它们主要的区别在于样本处理过程中所使用的细胞类型。scRNA-seq用于研究单个完整的细胞,包括细胞核和细胞质中的RNA;而snRNA-seq用于研究单个细胞核中的RNA。因此,相比于scRNA-seq,snRNA-seq可以更好地保留细胞的原始特性,并且不会受到细胞溶解等因素的影响。 通常情况...
snRNA - seq首先要分离出单个的细胞核。这就好比从一个复杂的大工厂(组织)里,精准地挑出一个个独立的小车间(细胞核)。然后,将这些细胞核中的RNA提取出来进行反转录,把RNA的信息转化为cDNA(互补DNA)。这个过程像是把RNA这个密码本翻译成了另一种我们更容易解读的密码(cDNA)。之后,对cDNA进行扩增和测序,这样我们...
在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞、NK细胞等,snRNA-seq中检测到了更多的实质性细胞,如神经嵴、神经内分泌细胞等,而免疫细胞的检出显著降低甚至没有检测到。 在乳腺癌转移的样本中,scRNA-seq和snRNA-seq检测的结果和上述结果基本一致。scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图里的重合...
选择2种低通量和5种高通量方法进行scRNA-Seq或snRNA-Seq分析;为了直接比较、避免每种方法已有流程的影响,作者开发了一种更加灵活、适用于任何scRNA-Seq的方法“scumi”;通过比较reads的结构和比对情况、灵敏度、多胞率和解释已知的生物学信息评估每种方法;两种低通量方法表现相似,CEL-Seq2受其他细胞污染reads的影响比...
scRNA-seq和snRNA-seq分别通过解离和抽核等不同方法来获取不同细胞中的基因表达信息,已经是比较成熟的技术手段,在scRNA-seq作为单细胞的主流检测技术,在免疫细胞、小胶质细胞的检出方面有很大的优势,对于一些比较脆弱的基质细胞(如肝实质细胞、肾足细胞)、细胞直径较大(如神经元细胞、心肌细胞)、临床样本收样周期较...
scRNAseq：在数据整合和分析方面，通常使用如Seurat等流程，但质量控制标准与snRNAseq有所不同。snRNAseq：在质量控制时可能需要更为宽容的参数设置，以保留更多数据，同时需谨慎处理以避免引入额外偏差。独特应用：scRNAseq：因其广泛的应用范围和基因丰富度，适用于多种生物学问题的研究。snRNAseq：在特定...
scRNA-seq和snRNA-seq分别通过解离和抽核等不同方法来获取不同细胞中的基因表达信息,已经是比较成熟的技术手段,在scRNA-seq作为单细胞的主流检测技术,在免疫细胞、小胶质细胞的检出方面有很大的优势,对于一些比较脆弱的基质细胞(如肝实质细胞、肾足细胞)、细胞直径较大(如神经元细胞、心肌细胞)、临床样本收样周期较...
snRNA-seq是一种在单个细胞核级别上研究细胞表型的单细胞核酸测序方法。相比于传统的单细胞RNA测序，该技术能更好地保留细胞的原始特性，避免受到细胞溶解等因素的影响。在snRNA-seq中，单个核被包裹在胶体颗粒中，其中包含了反转录和扩增RNA的反应混合物。该技术难度较高，需要特别注意核提取和反转录过程...
图. snRNA-seq 确定新生儿心脏中不同的心肌细胞群 肾脏组织样本的snRNA-seq 2019年,来自华盛顿大学医学院的Benjamin D. Humphreys团队比较分析了肾脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和肾脏组织的单细胞核RNA测序(snRNA-seq)在肾脏细胞类群鉴定中的...
与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...