scRNA-seq和snRNA-seq都是单细胞级别的RNA测序方法,它们主要的区别在于样本处理过程中所使用的细胞类型。scRNA-seq用于研究单个完整的细胞,包括细胞核和细胞质中的RNA;而snRNA-seq用于研究单个细胞核中的RNA。因此,相比于scRNA-seq,snRNA-seq可以更好地保留细胞的原始特性,并且不会受到细胞溶解等因素的影响。 通常情况...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
snRNA - seq首先要分离出单个的细胞核。这就好比从一个复杂的大工厂(组织)里,精准地挑出一个个独立的小车间(细胞核)。然后,将这些细胞核中的RNA提取出来进行反转录,把RNA的信息转化为cDNA(互补DNA)。这个过程像是把RNA这个密码本翻译成了另一种我们更容易解读的密码(cDNA)。之后,对cDNA进行扩增和测序,这样我们...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
scRNA-seq和snRNA-seq分别通过解离和抽核等不同方法来获取不同细胞中的基因表达信息,已经是比较成熟的技术手段,在scRNA-seq作为单细胞的主流检测技术,在免疫细胞、小胶质细胞的检出方面有很大的优势,对于一些比较脆弱的基质细胞(如肝实质细胞、肾足细胞)、细胞直径较大(如神经元细胞、心肌细胞)、临床样本收样周期较...
文章摘要:单核 RNA 测序 (snRNA ‑seq) 是 一种用于分析细胞中基因表达的方法 分离是复杂的,例如在肝细胞癌中 (HCC) 组织。它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
文章摘要:单核 RNA 测序 (snRNA ‑seq) 是 一种用于分析细胞中基因表达的方法 分离是复杂的,例如在肝细胞癌中 (HCC) 组织。它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。
本研究利用 snRNA-seq 技术成功构建了草地贪夜蛾幼虫中肠和脂肪体的细胞图谱,分别鉴定出中肠 20 个和脂肪体 27 个不同的细胞簇,并确定了各细胞簇对应的细胞类型。研究结果为深入了解草地贪夜蛾重要器官的细胞组成提供了详细数据,有助于揭示昆虫发育、生理和对环境应激反应的细胞机制。
图. snRNA-seq 确定新生儿心脏中不同的心肌细胞群 肾脏组织样本的snRNA-seq 2019年,来自华盛顿大学医学院的Benjamin D. Humphreys团队比较分析了肾脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和肾脏组织的单细胞核RNA测序(snRNA-seq)在肾脏细胞类群鉴定中的...