RNA-seq数据分析缺少公共lncRNA数据库,无法快速的系统性注释和分析lncRNA 不像蛋白编码基因已具有成熟的参考数据库,RNA-seq目前仍缺少公共的完善可靠的参考数据库,以用于原始测序数据的序列比对和注释。此外,RNA-seq的短reads在5’末端或3’末端覆盖度不均一,且经常存在RNA降解、或者逆转录过程不能完整的复制至RNA ...
相对于哺乳动物lncRNA而言,植物lncRNA研究相对落后,植物lncRNA研究也一直在追赶。植物lncRNA的研究可以揭示控制植物生长和分化的未知新机制,lncRNA在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等多种生物过程中起着调节因子的作用。随着高通量测序技术的发展,越来越多的lncRNA被鉴定出来,但具体的作用与功能仍然不...
在 RNAseq 测序中,我们需要的恰恰就是这 5%的区域。 除了传统的 mRNAseq 测序,目前又逐渐开发除了其他非编码 RNA 的测序,包括长链非编码RNA(LncRNA) 测序,小 RNA (Small RNA),环状 RNA(circRNA)以及全转录组测序,单细胞转录组测序,转录调控因子测序,蛋白质组学测序,代谢组学测序等。 二、RNAseq 研究 10 年...
以下是一些LncRNA-Seq的应用方向: (2)lncRNA表达调控研究:LncRNA-Seq用于研究不同细胞类型、组织、发育阶段、生理状态或疾病状态下lncRNA的表达变化,帮助了解lncRNA在基因调控中的作用。 (3)lncRNA与疾病关联研究:通过比较疾病患者和正常对照组的lncRNA表达数据,可以鉴定与疾病相关的lncRNA,从而深入了解lncRNA在疾病...
大多数发表的RNA-seq数据都是基于oligo-dT方法富集包含poly(A)尾巴的转录本,定位于分析转录组上的蛋白质编码区 (生信宝典注:部分lncRNA也有poly(A)尾巴)。但是这种方法除了会导致3ʹ端偏好外,很多不含Poly-A尾巴的非编码RNA,例如miRNA和增强子RNA不会被测到。完全不进行选择而使用全部提取的RNA也不合适,因为这...
LncRNA的定义 长链非编码RNA是一类长度大于200nt的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),不具有编码蛋白质的功能,并且直接以RNA的形式发挥作用,以诱饵分子、信号分子、引导分子和支架分子的方式在转录水平和转录后水平调节蛋白质编码基因的表达,参与细胞分化和个体发育等生命过程。
发现参考基因组中未注释的新的转录本和非编码RNA，如长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）等。分析基因表达的调控网络，揭示非编码RNA在调控中的作用。可变剪接和基因结构变异分析：研究基因的可变剪接事件，揭示mRNA的多样性及其对蛋白质功能的影响。检测基因融合事件和基因结构变异（如外显子缺失、插入、倒位...
芯片比RNA-Seq更适合低丰度lncRNA表达谱的检测 芯片的原理是通过与序列特异性探针的杂交识别RNA。对于特定的基因,即使杂交体系中存在高丰度的无关序列也不会影响该基因的杂交结果,因而对于低丰度表达谱的检测几乎无影响。而RNA-Seq的数据中,大部分测序reads被表达丰度很高的RNA如管家基因占据,从而导致低丰度的RNA只有...
一种是采用特异性的DNA探针与rRNA杂交,利用RNase H能够特异性消化DNA-RNA杂交链中的RNA单链,而未与探针杂交的mRNA、lncRNA等不受影响,从而富集目标RNA。另一种是通过DNA探针或者RNA探针杂交捕获rRNA再用链霉亲和素磁珠吸附去除的方法(流程及原理见图3)。但这两种方法都需要根据研究物种的rRNA序列设计特异性的杂交...
作者基于PTC的RNA-Seq数据,使用从头发现方法来定义BRAF和RAS样特异性lncRNA的表达特征,并鉴定能够调节和/或干扰甲状腺肿瘤中已知癌症驱动基因表达的新候选lncRNA。鉴定了一种新的天然反义COMET(COrrelated-to-MET)lncRNA,其在BRAF样癌中显著上调,并...