定量分析不同条件或不同样本之间的基因表达差异（差异表达分析）。揭示基因在不同组织、不同发育阶段或不同处理条件下的表达模式。新转录本和非编码RNA的发现：发现参考基因组中未注释的新的转录本和非编码RNA，如长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）等。分析基因表达的调控网络，揭示非编码RNA在调控中的作...
相对于哺乳动物lncRNA而言,植物lncRNA研究相对落后,植物lncRNA研究也一直在追赶。植物lncRNA的研究可以揭示控制植物生长和分化的未知新机制,lncRNA在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等多种生物过程中起着调节因子的作用。随着高通量测序技术的发展,越来越多的lncRNA被鉴定出来,但具体的作用与功能仍然不...
RNA-seq对于lncRNA检测存在严重的局限性。由于lncRNAs丰度低和缺少全长注释信息,导致lncRNAs的定量不准。如果仅仅是定性检测一个lncRNA,少量的可重复测序reads即可满足需求。然而,由于RNA-seq数据过于分散而导致的Poisson误差,要实现精准定量,至少需要数百个reads [2]。然而,一般lncRNA的表达丰度只有mRNA的十分之一不到...
植物lncRNA的研究可以揭示控制植物生长和分化的未知新机制,lncRNA在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等多种生物过程中起着调节因子的作用。随着高通量测序技术的发展,越来越多的lncRNA被鉴定出来,但具体的作用与功能仍然不是很清楚,因此lncRNA的研究领域依然是一片非常广阔的神秘区,具有极大的研究价值。
以下是一些LncRNA-Seq的应用方向: (2)lncRNA表达调控研究:LncRNA-Seq用于研究不同细胞类型、组织、发育阶段、生理状态或疾病状态下lncRNA的表达变化,帮助了解lncRNA在基因调控中的作用。 (3)lncRNA与疾病关联研究:通过比较疾病患者和正常对照组的lncRNA表达数据,可以鉴定与疾病相关的lncRNA,从而深入了解lncRNA在疾病...
RNA-seq数据分析缺少公共lncRNA数据库,无法快速的系统性注释和分析lncRNA 不像蛋白编码基因已具有成熟的参考数据库,RNA-seq目前仍缺少公共的完善可靠的参考数据库,以用于原始测序数据的序列比对和注释。此外,RNA-seq的短reads在5’末端或3’末端覆盖度不均一,且经常存在RNA降解、或者逆转录过程不能完整的复制至RNA ...
大多数发表的RNA-seq数据都是基于oligo-dT方法富集包含poly(A)尾巴的转录本,定位于分析转录组上的蛋白质编码区 (生信宝典注:部分lncRNA也有poly(A)尾巴)。但是这种方法除了会导致3ʹ端偏好外,很多不含Poly-A尾巴的非编码RNA,例如miRNA和增强子RNA不会被测到。完全不进行选择而使用全部提取的RNA也不合适,因为这...
芯片比RNA-Seq更适合低丰度lncRNA表达谱的检测 芯片的原理是通过与序列特异性探针的杂交识别RNA。对于特定的基因,即使杂交体系中存在高丰度的无关序列也不会影响该基因的杂交结果,因而对于低丰度表达谱的检测几乎无影响。而RNA-Seq的数据中,大部分测序reads被表达丰度很高的RNA如管家基因占据,从而导致低丰度的RNA只有...
2024年10月29日,哈尔滨医科大学王鹏,宁尚伟,李峰共同通讯在Nucleic Acids Research在线发表题为“LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomic...
转录组,也叫做 RNAseq,是指特定类型细胞中全体转录本的集合。在转录组中,既包括编码蛋白的信使 RNA(mRNA),也包括不编码蛋白的 rRNA,tRNA,小RNA,lncRNA 等非编码 RNA。这些 RNA 转录本彼此协同作用,共同来调控细胞的生长,发育,凋亡等一系列重要的生理过程。对于转录本的研究通常包括定性和定量两个方面。