为了解决这个问题,我们使用pooled AID-seq策略来表征FrCas9在2,069个sgRNA中的切割效率和脱靶效应,每个sgRNA文库中约有500个sgRNA。结果表明,每个文库的在靶率≥95%,并且一半以上的sgRNA没有检测到脱靶,这与我们之前的研究一致,再次验证了FrCas9的高靶点切割活性及低脱靶效应(Cas-Designer网站已上线FrCas9 sgRNA在线...
Direct capture PerturbSeq是基于10×Gebomics公司的5′端和3′端的建库方法,开发了5′端和3′端两种检测sgRNA方案[5]。在5′端的检测方案中,针对sgRNA后面的恒定序列设计逆转录引物,逆转录合成sgRNA序列的cDNA,sgRNA-cDNA与其他mRNA-cDNA一同与凝胶微珠上的TSO序列结合,连接上细胞条形码(Cell Barcode,CBC)和单细胞...
主要的 scCRISPR-seq 平台是基于转录组的应用程序,将 CRISPR 筛选与单细胞 RNA-seq 相结合。对于基于转录组的 scCRISPR-seq,Perturbseq 载体通常由单向导 RNA (sgRNA)、细胞条形码 (CBC)、基因条形码 (GBC) 和 UMI 组成,例如 Perturb-seq和 CRISPseq。在 Perturb-seq 载体中,sgRNA 用于指导 Cas9 核酸酶在目标...
The sgRNA sequence must be 20-mer with NGG PAM sequence at the end resulting in a 23-mer sequence. For prediction- Use the command- python generate_features.py <filepath>. This will generate the features for the given sequences. For example, if the path to your csv file is Data/...
Abstract B032: Native sgRNA capture and sequencing (NSC-seq) reveals tumor formation in ApcMin/+ mice and in human colorectal cancer is an oligoclonal processdoi:10.1158/1538-7445.CRC22-B032CRISPR-Cas9-based technologies have been developed to address a wide range of biological questions, ...
作者们使用了两个重复包含76441个sgRNA以及1000个非蛋白靶向的sgRNA作为对照。HeLa细胞被IL-1β以及TNF刺激会通过两种不同的通路激活NF-kB。在活细胞表型分型后,sgRNA的身份会通过NIS-Seq被恢复。作者们发现p65核核转位信号所筛选到基因与已知的下游基因相一致,筛选靶标与已发表的数据是统一的【3】。
舒桐生物科技长期致力于基因编辑领域,其中也包括对脱靶检测手段的大力研发。近年来,我们成功开发了GUIDE-pro体内脱靶检测及SITE-pro体外脱靶检测。SITE-pro是由鼓润公司基于SITE-seq体外脱靶检测手段自主研发的高效、高敏感、高特异性、高通量的sgRNA脱靶检测及筛选的方法。
CRISPRpred(SEQ): a sequence based tool for sgRNA on target activity predictiondoi:10.1101/655779H. RafidM. ToufikuzzamanM. S. Rahman
SITE-pro是由鼓润公司基于SITE-seq体外脱靶检测手段自主研发的高效、高敏感、高特异性、高通量的sgRNA脱靶检测及筛选的方法。SITE-seq原理如下:提取高分子量DNA,直接进行体外切割,加带有生物素标记的接头,DNA片段化,加上另外一端接头,PCR扩增完成文库构建。最后采用PE150策略进行测序。 相关链接:舒桐生物科技有限公司 ...
SITE-pro是由鼓润公司基于SITE-seq体外脱靶检测手段自主研发的高效、高敏感、高特异性、高通量的sgRNA脱靶检测及筛选的方法。SITE-seq原理如下:提取高分子量DNA,直接进行体外切割,加带有生物素标记的接头,DNA片段化,加上另外一端接头,PCR扩增完成文库构建。最后采用PE150策略进行测序。 相关链接:舒桐生物科技有限公司 ...