点击“Sequence”(序列),按住键盘“Ctrl+F”,在搜索框中输入sgTP53序列:CGCTATCTGAGCAGCGCTCA,可以清楚看到,靶序列已经连接在gRNA scaffold上,大功告成。 这样,构成成功的克隆质粒,就可以用来后续挑转化后的细菌测序比对。
1.1 sgRNA简介 短聚类规则间隔短回文重复序列(clustering regularly spaced short palindrome repeat sequence,CRISPR)是一种经过基因工程修饰的细菌适应性免疫系统,在RNA编辑的过程中引导尿苷残基插入或缺失到动质体(kinetoplastid)中,属于一种小型非编码RNA,可与pre-mRNA配对,从而实现对基因的编辑功能(可敲除基因,单碱基突...
我们都知道一个基因(一个基因ID)往往可以编码多个转录本(多个NM号),相应的也对应多个蛋白质(多个NP号)。一条mRNA上编码蛋白质的区域称为CDS (coding sequence)。一个基因产生的多个mRNA往往有部分区域是重叠的,这部分重叠的区域叫做保守的蛋白质编码区(consensus CDS),...
8. Concordet,J.-P. and M.J.N.a.r. Haeussler,CRISPOR: intuitive guide selectionfor CRISPR/Cas9 genome editing experiments and screens.2018.46(W1): p. W242-W245. 9. Kim,N., et al.,Prediction of the sequence-specific cleavage activityof C...
sgRNA(single guide RNA)是一种可以用于基因编辑技术CRISPR-Cas9的辅助RNA分子。sgRNA由两部分组成:结合Cas9蛋白酶并导向其特定靶标位点的特定序列,以及用于稳定sgRNA结构并在细胞内正常功能的常见RNA序列。 sgRNA的合成序列通常包括一个引导序列和一个转录起始序列。 引导序列(target sequence):引导序列是一个特定的20个...
sequencelisting <110>上海交通大学 <120>特异靶向拟南芥ilk2基因的sgrna序列及其应用 <130>dag29521 <160>8 <170>patentinversion3.5 <210>1 <211>20 <212>rna <213>arabidopsisthaliana(l.)heynh. <400>1 cggcgagauucaagcuaggu20 <210>2 <211>20 ...
1.首先登录https://www.benchling.com/crispr网站，邮箱姓名注册账号。2.点击左侧第二栏创建一个sgRNA文件。3.点击左侧第四栏“+”，选择DNA sequence，点击import DNA sequence，点击or choose file，导入DNA序列snapgene文件。4.通常选择靠近ATG的第一外显子设计sgRNA靶点，点击右侧“+”点击DESIGN ANDANALIZE ...
红框里面的就是sgRNA的序列,另外通过sequence display还可以看到thor的序列: 然后是搜索Search功能: 可以输入lncRNA的名字、物种等信息检索: 最后我们可以下载: 比如下载后的lncRNA和sgRNA序列: lncRNA的序列: 好了,这个数据库就介绍到这里了。 最后感谢中国科学院西双版纳热带植物园刘长宁研究团队做出这么好用的数据库...
目前单细胞CRISPR筛选有3’端CRISPR和5’端CRISPR可供选择:单细胞3’端CRISPR筛选可以实现同时得到单个细胞的基因表达谱和CRISPR介导的扰动表型,需要在设计sgRNA序列时往里添加能和Gel Beads上的capture seq序列互补的capture sequence序列。如果选择5’端CRISPR筛选则不需要将特定捕获序列整合到sgRNA上,这种方法通过sgRNA后...
2. Scientists are able to modify the sgRNA sequence to target different genes of interest. 科学家能够修改sgRNA序列以针对不同的目标基因。 3. The sgRNA molecule guides the Cas9 enzyme to the desired location in the genome for gene editing. sgRNA分子将Cas9酶引导到基因组中的目标位置进行基因编辑。