view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独...
1.本文主要是针对samtools view 命令的用法和相关参数的说明。 2.view命令的主要功能是查看bam和sam文件的内容。 3.view命令的用法和常用参数。 samtools view -h samtools view: No input provided or missing option argument. Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options]|[region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认...
samtools view -H input.bam | less ● samtools view -H:用于查看 bam 文件中的头信息。 ● | less:通过 less 进行分页显示,方便浏览。 如果想查看 bam 文件中某一特定染色体的比对数据,可以使用以下命令: samtools view input.bam chr1 | less ● samtools view input.bam chr1:查看 bam 文件中指定染色...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
使用samtools的view命令提取特定基因的数据: 你可以使用samtools的view命令,通过指定区域来提取BAM文件中特定基因的数据。假设你知道该基因在参考基因组上的起始和结束位置,可以使用以下命令: bash samtools view -h your_bam_file.bam chrN:start-end > output_file.bam 其中,chrN是参考基因组中的染色体名称,...
samtools view-h d0.bam-o test.sam-b #view命令默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出为BAM格式-H#仅仅输出文件的头部信息-h #默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-@ #指定线程-o #设定输出文件-1#启用快速压缩,更改默认输出格式为BAM ...
samtools view -h test.bam | headHD:VN表示版本,SO表示排序方式。 SQ:SN表示参考序列的名称,LN表示参考序列的长度 PG:比对时使用的工具指令。(这里小编用的是hiast2)常用命令 1.Viewview命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 AI检测代码解析 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM ...