-q:定位的质量大于INT[默认0] -l:仅输出在STR 库中的reads -F:获得比对上(mapped)的过滤设置[默认0] -f:获得未必对上(unmapped)的过滤设置[默认0] -T:使用fasta格式的参考序列 …… 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS...
-q, --min-MQ mapQ最小值,低于这个值则跳过; -d, --max-depth 最大覆盖深度; -g, --BCF 生成bcf格式文件; -o, --output FILE 输出文件; -f , --fasta-ref FILE参考序列(fasta format)的索引文件名; 其他常用参数: -A --count-orphans 不丢弃异常配对reads; -l --positions FILE 包含区域位点...
# 过滤flag,仅输出指定FLAG值的序列 -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0] # 比对的最低质量值,一般认为20就为unique比对了,可以结合上述-bF参数使用使用提取特定的比对结果 -@ Number of additional threads to use [0] # 指使用的线程数 具体例子: # 将sam文件转换成bam文件 ...
在samtools中,可以使用depth命令来计算给定测序数据的覆盖度参数。depth命令会输出每个碱基被覆盖的次数和覆盖度参数,帮助用户快速了解数据的质量和覆盖情况。用户可以根据需求选择不同的参数设置来调整计算的覆盖度参数,比如-min参数可以指定最小的覆盖度阈值,-q参数可以指定最小的测序质量阈值等。 覆盖度参数不仅能够帮助...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
3.3高级参数 -r倒序排序:按降序排序。 -q最小质量:仅保留至少具有指定最小平均映射质量的reads。例如,-q 20将会忽略映射质量小于20的reads。 -f Filter:根据指定的条件过滤reads。例如,-f "FLAG & 0x2"将会过滤掉未配对的reads。 4、使用示例 4.1基本用法 使用Samtools sort对一个BAM文件进行排序,输出为新的...
依次对应QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ、CIGAR、RNEXT/PNEXT、TLEN、SEQ、QUAL(详细信参阅《Bioinformatics Data Skills》第390页) 使用samtools的-b参数完成sam->bam格式转换(sam:纯文本,可读性好;bam:二进制文件,后续处理效率更高) $ samtools view -b celegans.sam > celegans_copy.bam ...
支持两种方式指定基因组区间,一种是通过参数contig,start,stop指定,此种方式使用的是0-based的坐标体系;第二种方式通过region参数传递一个samtools region string字符串,如果不了解这个,可以参考我前一篇文章中的介绍。示例如下: ⚠️⚠️ 与samtools mpileup一样,该方法也会默认过滤掉在FLAG值中被标记为未比对...
3. `-q <int>`,仅考虑比对到质量大于等于<int>的reads。 4. `-Q <int>`,仅考虑比对到质量大于等于<int>的reads的覆盖度。 通过使用这些参数,可以根据实际需求来计算所需的覆盖度信息。覆盖度参数对于评估测序数据的质量和深度非常重要,能够帮助研究人员了解每个基因组位置的测序覆盖情况,从而进行后续的数据分析...