- -F参数:使用该参数过滤掉指定的标志位。比如,使用`-F 0x4`可以过滤掉反向互补序列的read。 - -f参数:使用该参数只保留指定的标志位。比如,使用`-f 0x20`可以只保留第二条read。 - -c参数:使用该参数计算满足条件的read数目。比如,使用`-c -f 0x2`可以计算出成对的read数目。 3.其他操作:samtools ...
l参数即原软件参数-l,我们可以用该参数指定reads最短的长度; f参数即原软件参数-f,我们可以用该参数给定一个含有多个bam文件路径的列表文件,其中每个bam文件路径占一行; all_pos参数即原软件参数-a,代表获取所有区域; bed参数即原软件参数-b,我们可以使用一个bed 文件来实现指定区域的深度情况。Bed文件每行至少包...
随后可使用如下命令过滤未通过质量控制以及未比对上的reads,并存盘为新的BAM文件 $ samtools view -b -F 516 celegans_sorted.bam > celegans_Filtering.bam -F以及-f参数也可以组合使用 使用命令行可视化工具samtools tview可视化部分Alignments,首先查阅Usage $samtools tview -p 1:999-1999 <aln.bam> [ref....
samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam # 提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam ...
涉及的参数: -b 输出bam格式。。默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header。。默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件。。默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads。。数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate...
l 参数：设置reads 最短长度。f 参数：提供包含多个 bam 文件路径的列表文件，每行一个路径。all_pos 参数：获取所有区域的深度情况。bed 参数：使用 bed 文件指定深度计算的区域。每行至少包含 chrom、chromStart、chromEnd 三列。默认情况下，samtools depth 在当前文件夹输出格式为 *.depth.txt 的...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
samtools view -bF 4 -f 8 test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 ...
参数说明(小写的 f 是提取,大写的 F 是过滤) -f INT only include reads with all of the FLAGs in INT present [0] -F INT only include reads with none of the FLAGS in INT present [0] 因为我们测序数据的双端的,那么sam文件的第3列是reads1的比对情况,第6列是reads2的比对情况。所以未比对成...