samtools view-bF12test.bam>test.12.bam ## 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可,但其实我们双端测序的数据是需要取PEmap到同一个fragment的reads samtools view-bf2test.bam>test.f2.bam 单端测序筛掉低质量的数据 samtools view-bF4abc.bam>abc...
samtools view -h -o test.sam test.bam -b 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-S 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。-o 输出文件名 提取比对到参考序列上的比对结果F 基本用法: samtools view -bF 4 test.bam >test.F.bam -F 数字4代...
bwa比对的MAPQ值0代表未多次比对 q参数表示保留比对质量值大于等于此q值 samtools view -c -q 1 bwa.bam ###比对质量大于1,且比对到正链上 samtools view -q 1 -F 4 -F 16 -c bwa.bam Secondary alignment 二次比对:序列是多次比对,其中一个最好的比对为PRIMARY align,其余的都是二次比对,FLAG值256 s...
如果你只想保留 mapping quality 大于一定值的 reads,可以使用 -q 参数。例如保留 mapping quality 大于 30 的 reads: samtools view -b -q 30 your_file.bam > filtered_quality30.bam ● -b:保留输出 bam 格式(如果无此项则是 sam 格式)。 ● -q 30:只保留 mapping quality 大于 30 的 reads。 如果...
该参数的使用需要有-b参数,能节约时间,但是需要更多磁盘空间。 -c Instead of printing the alignments, only count them and print the total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ , are taken into account. -1 fast compression (force -b) ...
可见samtools depth参数输出测序深度的结果最小的测序深度为1. 004、samtools depth -a参数输出的结果为fastq比对到参考基因组的染色体上的所有位点的测序深度,即在depth参数输出结果的基础上,也输出测序深度为0的位点。可用如下脚本进行验证: a、如果输出fastq数据比对到参考基因组的染色体上所有位点的测序深度, 那么dep...
一对reads都比对到了参考序列上的数量但是并不一定比对到同一条染色体上 samtools序列比对率计算(samtoolsflagstat) 准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件 samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax 结果解释 从第一行至第十一行分别表示: 1.QC pass的reads的数量为2499971,未通过QC的reads数量为0,意味...
6其余子命令参数及用法 sort 代码语言:javascript 复制 samtools sort-@4d0.sam-o./d0_sort.bam-T#设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件)-@#定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩)-o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名-O#将最终输出写...
samtools是一个用于处理和分析测序数据的常用工具,它具有一个非常重要的参数——覆盖度参数。覆盖度参数用于衡量每个基因组位置被序列覆盖的次数,这个参数是评估测序深度和质量的重要指标之一。在本文中,我们将详细介绍samtools覆盖度参数的作用、计算方法以及在测序数据分析中的应用。 一、samtools覆盖度参数的作用 覆盖度...