the new mapping quality is about sqrt((INT-q)/INT)*INT. A zero value disables this functionality; if enabled, the recommended value for BWA is 50. [0]
该参数的使用需要有-b参数,能节约时间,但是需要更多磁盘空间。 -cInstead of printing the alignments, only count them and print the total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ , are taken into account. -1fast compression (force -b) -xoutput FLAG in HEX (samtool...
6. mpileup samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] 从官方说明:Generate VCF, BCF or pileup for one or multiple BAM files可看出,可以用来和bcftools搭配Call SNPs 最常用的几个参数: -f The ...
-q INT 只计算碱基质量值大于此值的reads; -Q INT 只计算比对质量值大于此值的reads; -r CHR:FROM –TO 只计算指定区域的reads,后面跟染色体号(region) 示例: 注意: in.bam 必须经过了排序。 depth命令运行如下图所示: 一共得到3列以指标分隔符分隔的数据,第一列为染色体名称,第二列为位点,第三列为覆盖...
samtools view [options] in.sam|in.bam|in.cram [region...] -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads -F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的reads,也就是说提取出mapping上的reads -u 输出格式为未压缩的bam格式 -q 过滤掉MAPQ值低某个阈值 ## -q 1 过滤掉MAPQ值低于1的情况 ...
参考地址: https://www.biostars.org/p/56246/ -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0] Like for getting the unique reads (a single read mapping at one best position) 命令如下,也有文献报告使用的-q 2 samtools view -bq1file.bam> unique.bam...
例如,-q 20将会忽略映射质量小于20的reads。 -f Filter:根据指定的条件过滤reads。例如,-f "FLAG & 0x2"将会过滤掉未配对的reads。 4、使用示例 4.1基本用法 使用Samtools sort对一个BAM文件进行排序,输出为新的BAM文件: samtools sort -i input.bam -o output.bam 4.2按名称排序 使用Samtools sort对一个...
-q INT minimum mapping quality [0] 比对的最低质量值,一般认为20就为unique比对了,可以结合上述-bF参数使用使用提取特定的比对结果 例子: 将sam文件转换成bam文件 samtools view -bS abc.sam > abc.bam BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view ...
3. `-q <int>`,仅考虑比对到质量大于等于<int>的reads。 4. `-Q <int>`,仅考虑比对到质量大于等于<int>的reads的覆盖度。 通过使用这些参数,可以根据实际需求来计算所需的覆盖度信息。覆盖度参数对于评估测序数据的质量和深度非常重要,能够帮助研究人员了解每个基因组位置的测序覆盖情况,从而进行后续的数据分析...
默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。 -h ：保留sam文件的header（如果有的话），header信息常包括比对的参考基因组的染色体信息和比对的命令 -@ ：指明使用的线程数 以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对...