Martin表示，这是一个非常令人兴奋的发现。“不仅因为它为基于RNA的肽的形成指明了一条新路径，还揭示了自然发生的RNA修饰碱基的新的进化意义。”Martin补充说，该结果表明RNA在生命起源中发挥了重要作用。美国佐治亚理工学院生物物理化学家Loren Williams对此表示赞同。他认为，如果RNA的起源和蛋白质的起源是联系在一起...
基于亲和力的pull down和稳定性方法(TPP和SPROX)都有助于在蛋白质组规模上识别强烈的、直接的RNA-蛋白质相互作用,只是基于稳定性的方法更具有优势,因为不需要特别标记的RNA,能提供间接相互作用的信息,如RNA处理后蛋白质组内可能发生的蛋白质-蛋白质相互作用和构象改变等。这些方法有可能为靶向特定RNA-蛋白质交互作用...
事实上今天我们要介绍的文章在2021年就投稿到了bioRxiv上，这篇文章中德国海德堡大学Katharina Höfer和Andres Jäschke团队发现蛋白质和RNA也可以通过共价键紧密结合在一起，这一过程被称为“RNAylation”。2022年有两篇文章相继报道了RNAylation过程对于生物学进程的重要性（详见Cell | 饶子和/娄智勇等发现生物界中...
沙特阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)高欣课题组(http://sfb.kaust.edu.sa)与香港科技大学黄旭辉课题组和南方科技大学陈炜课题组合作,提出一种基于深度学习的RNA-蛋白质结合偏好的预测方法。该方法基于特征向量,将蛋白质表面结构的局部理化特性编码为高维度的输入向量,使用ResNet提取特征,最后利用多层分类器预测出蛋白质表面...
与传统的RNA-蛋白质相互作用分析技术相比,如RIP(RNA免疫沉淀)和CLIP(交联免疫沉淀)等,TREX技术在几个关键方面展现出显著优势: 特异性高:TREX技术通过特定的DNA探针直接靶向RNA序列,避免了非特异性背景的干扰,提高了实验的特异性和准确性。 灵敏度高:利用RNase H酶的高效率降解机制,TREX能够从大量非特异性蛋白中准确...
美国佐治亚理工学院生物物理化学家Loren Williams对此表示赞同,他认为,如果RNA的起源和蛋白质的起源是联系在一起的,而且它们的出现不是独立的,那么这就会从根本上转向支持“RNA -蛋白质世界”,而远离“RNA世界”。 为了证明这是一种合理的生命起源,科学...
RNA与蛋白质之间的相互作用在转录后的调节中起重大作用,因此需对RNA-蛋白质(RBP)之间的结合进行预测,但是实验手段的应用难以广泛开展。结构生物学实验只能检测某一个特定RNA与蛋白间的相互作用,而不能提供统计意义上的结合偏好的信息。而assay的方法可以提供结合的亲和力,但是没有办法抓住具体的结构上的结合构象的差异...
大家好,今天简单介绍一篇近期刊登于Molecular Biology and Evolution的文章In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions (1),通讯作者是捷克查尔斯大学的Klara Hlouchova教授,该课题组主要研究蛋白质进化,尤其是de novo蛋白质的来源。Klara Hlouchova教授此前是美国科罗拉多大学...
RNA-蛋白质相互作用在转录后基因调控中至关重要。随着RNA测序技术和高效液相质谱联用的蛋白质组学技术的快速发展,将这些创新的化学生物工具与生物学研究相结合,预示了在细胞水平研究分子的互作将成为可能。本文作者描述了蛋白质组学和转录组学方法在开发和应用细胞RNA-蛋白质互作方面的最新研究进展,重点聚焦基于测序技术...