通过利用RNase H酶特异性地降解与DNA探针杂交的RNA区域,TREX技术不仅可以揭示已知的RNA-蛋白质相互作用,还能发现新的、未被发现的相互作用,为我们理解RNA在细胞中的功能和调控机制提供了新的可能性。 TREX(Targeted RNase H-mediated Extraction)技术,是一种创新的生物技术,旨在精确识别和分析活细胞中特定RNA区域与RNA...
RNA-蛋白质相互作用对于广泛的与免疫和稳态相关的细胞过程是必不可少的。RNA结合蛋白(RNA binding proteins, RBPs)是RNA -蛋白质相互作用的基本介质和调节因子,在免疫和非免疫细胞中控制各种遗传、表观遗传和代谢事件。典型RBPs具有RNA结合域(RNA-binding domains, RBDs),可以识别并结合到特定的序列元素,或目标mRNA...
RNA和蛋白质是两类重要的生物分子,它们在生物体内相互作用,参与到许多生命活动中。RNA可以由DNA转录而来,是蛋白质合成的重要组成部分,同时也参与到基因调控、信号传导等多种生命活动中。与RNA不同,蛋白质是由氨基酸链折叠而来,具有多种生物学功能,其中一种是与RNA发生相互作用。下面将介绍RNA和蛋白质相互作用的性质...
CARPID是一种使用CRISPR辅助检测RNA-蛋白质相互作用的技术,该技术近日由香港城市大学(CityU)的科学家开发提出。CARPID旨在容纳RNA蛋白复合物,特别是包含长的非编码RNA(lcRNA)的复合物。一旦被视为转录噪声,lcRNAs就被认为参与了各种调节和代谢过程。实际上,lcRNA与蛋白质的相互作用可能解释了真核生物生活的大部分复杂...
通过利用RNase H酶特异性地降解与DNA探针杂交的RNA区域,TREX技术不仅可以揭示已知的RNA-蛋白质相互作用,还能发现新的、未被发现的相互作用。 发表于Nature Methods的研究“TREX reveals proteins that bind to specific RNA regions in living cells”,报道了一种名为TREX的技术。TREX(Targeted RNase H-mediated Extrac...
RIP是指RNA Binding Protein Immunoprecipitation,同RNA pulldown相似,也是一种研究RNA和蛋白相互作用的方法,但与RNA pulldown的出发点不同, RIP是从蛋白出发研究蛋白RNA相互作用的技术。就是已知一个蛋白,把…
2. 基于序列的预测方法：机器学习模型：可以尝试寻找或开发专门针对双链RNA-蛋白质相互作用的机器学习模型...
研究人员可通过RNA-蛋白质交联鉴定体内两者的相互作用,原理是在变性情况下,排除非共价结合的相互作用,纯化RNA,接着只提取发生交联的蛋白以用于鉴定。 甲醛是一种小的双功能交联剂,可以很容易地渗透细胞并交联2Å距离内的大分子,包括蛋白质—蛋白质,蛋白质—DNA和蛋白质—R...
它们通过各种序列特异性的RNA 基因沉默作用,包括RNA 干扰 (RNAi)、翻译抑制、异染色质形成等,调控诸如生长发育、应激反应、沉默转座子等各种各样的细胞进程。随着对这些小分子调控RNA 的发现,一些RNase III 酶家族成员、Argonaute 蛋白质家族成员及RNA 结合蛋白质等先后被鉴定为小RNA 的胞内蛋白质合作者,参与小RNA ...
在 PIP-seq 中,RNA-蛋白质相互作用通过甲醛交联稳定,然后使用蛋白酶、ssRNase 和 dsRNase 处理的组合进行询问。 这种方法创建了一组正交文库,能够同时阐明整个目标转录组中的 RNA 二级结构和蛋白质结合序列。 对哺乳动物红细胞生成的研究表明,该过程涉及基因表达的一系列复杂且具有阶段特异性的变化。 成熟的红细胞来...