1. RNA与蛋白质的互作方式 RNA与蛋白质之间的互作是基于它们之间的化学结构相互配对的。RNA分子具有多种不同的结构,其中最常见的是单股线性结构和双股线性结构。蛋白质是由氨基酸单元组成的长链,具有三级结构:一级结构是氨基酸序列,二级结构是α-螺旋或β-折叠,三级结构是蛋白质的整体立体构象。RNA与蛋白质之间的互...
这些相互作用是基于特定RNA结构或序列的RNA与RNA结合蛋白之间的短暂接触。事实上今天我们要介绍的文章在2021年就投稿到了bioRxiv上,这篇文章中德国海德堡大学Katharina Höfer和Andres Jäschke团队发现蛋白质和RNA也可以通过共价键紧密结合在一起,这一过程被称为“RNAylation”。2022年有两篇文章相继报道了RNAylatio...
在TH的74个蛋白质带有注释的结构域(RNA-binding domains (RBDs)),这74种蛋白质由98个含蛋氨酸的肽命中表示,其中66个含甲硫氨酸的肽中有49个被定位到已知的RBD,这表明TH RNA和这些蛋白质相互作用体具有新的相互作用表面。这些定位的RNA结合结构域包括RNA识别基序(RRM)(21肽)、解旋酶结构域(7肽)、双链RNA结合...
以下是一些RNA与蛋白质互作调控的新范式: 1. 蛋白质-RNA复合物:蛋白质和RNA在细胞内形成复杂的复合物,这些复合物在基因表达、细胞代谢等过程中起着重要的调控作用。例如,一些蛋白质可以与mRNA结合,通过影响mRNA的稳定性、翻译效率等方式调控基因表达。 2. RNA结合蛋白:一些蛋白质可以与特定的RNA序列结合,形成RNA-...
其中,蛋白质和RNA是两个非常关键的概念。蛋白质是构成细胞和组织的基础材料,而RNA则在基因转录和翻译过程中发挥着至关重要的作用。本文将重点讨论蛋白质与RNA之间的互作关系及其对基因表达的影响。 一、蛋白质和RNA的结构与功能 蛋白质是由氨基酸组成的生物大分子,具有非常多样化的结构和功能。它们可以作为酶催化化学...
AlphaFold3实操专题三:预测蛋白质与RNA互作 蛋白质与RNA互作是指蛋白质与RNA分子之间的相互作用。这种互作在生物体内广泛存在,参与基因表达调控、RNA加工和转运等多种生命过程。蛋白质通过与RNA结合,影响RNA的结构和功能,进而调控生物体的生理和病理过程。那么如何用AlphaFold3预测蛋白质与RNA互作呢?AlphaFold3给蛋白...
蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台:RNA亲和纯化测序技术(RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq)。该技术是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的RNA结合蛋白,然后与RNA在体外进行孵育和结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序,通过生物信息学分析,可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、...
RNA-蛋白质相互作用在转录后基因调控中至关重要。随着RNA测序技术和高效液相质谱联用的蛋白质组学技术的快速发展,将这些创新的化学生物工具与生物学研究相结合,预示了在细胞水平研究分子的互作将成为可能。本文作者描述了蛋白质组学和转录组学方法在开发和应用细胞RNA-蛋白质互作方面的最新研究进展,重点聚焦基于测序技术...
基于免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)的技术是我们研究蛋白与其它大分子类分子互作的关键技术之一,比如研究蛋白与蛋白互作的Co-IP,蛋白与RNA互作的RIP,蛋白与DNA互作的ChIP,其基本原理就是通过要研究目的蛋白的抗体进行免疫共沉淀,接下来根据要检测的分子类型通过各种方法进行检测。
小伙伴都知道小编家的明星产品ChIP-seq,通过免疫共沉淀获得蛋白互作的DNA;同样的蛋白和RNA有着千丝万缕的互作关系,获得蛋白结合的RNA就需要我们的RIP-seq & CLIP-seq展现魅力了。 简单来说是通过抗体与靶蛋白进行免疫沉淀反应,将共沉淀下来的RNA分子进行高通量测序。高通量测序作为“科研神队友”,结合传统的免疫沉淀...