尽管RNA-蛋白质相互作用的早期研究仅限于单个蛋白复合物的研究,但是RNA测序和蛋白质组学在技术层面的进步使得研究人员能够从转录组和蛋白质组两个维度进行分析。 值得注意的是,在完整的生物样品如细胞和动物组织中进行UV介导的蛋白质-RNA复合物光交联,在开发以高通量测序研究RBP-RNA互作的方法中发挥了重要作用。此外,...
mRNA是指导蛋白质序列的模板。蛋白质与所有其他所谓的非编码RNA类型的相互作用,其中一些只有几年的了解,不能使用现有的方法检测。Krijgsveld解释说:“非编码rna的数量远远超过mRNA分子,它们具有各种调节作用。”与EMBL的同事一起,Krijgsveld现在成功地开发了一种称为XRNAX分析所有RNA类与细胞蛋白的相互作用。使用XRNAX,...
一、RNA互作网络 1.1 RNA互作网络的基本概念 RNA互作网络是指通过分子生物学,计算机科学,生物信息学等交叉科学研究方法,构建基于RNA互作关系的全局网络结构。这个网络结构包括RNA互作关系网络,RNA相关蛋白质网络,RNA-mRNA网络等。RNA互作可以象征性地理解为在不同功能RNA间的交互作用,其中包括RNA-RNA相互作用和RNA-蛋白...
通过检测与蛋白质氢键结合的核碱基,可以进行对RNA与蛋白质相互作用的结构分析。结合增强交联免疫共沉淀,可以富集与特定目标蛋白质结合的转录本,以探测RNA与蛋白质的相互作用。 近日由加利福尼亚大学Gene W. Yeo研究组在《Molecular Cell》杂志上发表了一篇名为“Footprinting SHAPE-eCLIP Reveals Transcriptome-wide ...
小结:该研究建立了一种检测活细胞内特定蛋白质介导的RNA-DNA相互作用的新方法RedChIP,该方法以蛋白质介导的RNA-DNA互作为中心,为研究核ncRNA参与的基因表达调控提供了新的工具。尽管RedChIP是在人源细胞中建立的,类似的方法同样适用于植物细胞,有助于推进植物中核ncRNA的相关研究。
RNA在细胞核中转录;在加工过程中,它被运输到细胞质并被核糖体翻译。最后,信使RNA被降解。 所有的RNA分子在完成重要任务时,都需要蛋白质作为结合伙伴。德国癌症研究中心的科学家,DKFZ)和欧洲分子生物学实验室(EMBL)的同事开发了第一种方法来分析整个细胞RNA蛋白网络的组成。这项新方法现已发表在科学杂志《细胞》上...