就目前的发现而言,绝大多数的lncRNA发挥功能都是通过lncRNA-蛋白相互作用的方式来介导的。lncRNA通过与蛋白形成RNA-protein 复合物发挥多样性的功能,例如染色体调控复合物、转录因子及RNP复合物。因此,研究lncRNA-蛋白相互作用的技术可以帮助我们解开lncRNA的生物学功能。常用的用于研究lncRNA-蛋白相互作用的技术,请参见...
与传统的RNA蛋白质相互作用分析方法相比,TREX技术能够更加精确地识别出与特定RNA区域直接相互作用的蛋白质,无论这些相互作用发生在细胞的哪个部位,都能被有效捕获和鉴定。通过利用RNase H酶特异性地降解与DNA探针杂交的RNA区域,TREX技术不仅可以揭示已知的RNA-蛋白质相互作用,还能发现新的、未被发现的相互作用,为我们理...
RNA-蛋白质相互作用对于广泛的与免疫和稳态相关的细胞过程是必不可少的。RNA结合蛋白(RNA binding proteins, RBPs)是RNA -蛋白质相互作用的基本介质和调节因子,在免疫和非免疫细胞中控制各种遗传、表观遗传和代谢事件。典型RBPs具有RNA结合域(RNA-binding domains, RBDs),可以识别并结合到特定的序列元素,或目标mRNA...
对于一种特定的RNA(如,lncRNA,mRNA,circRNA,microRNA,tRF&tiRNAs等),往往具有与之对应的相互作用蛋白共同执行特定的生理功能,以lncRNA为例,近年来,lncRNAs在基因表达调控方面的重要功能越来越被人们所关注,但它们的具体功能还有待阐明。LncRNA可能通过4种作用机制参与基因调控:Decoy,作为诱饵分子,替代蛋白与DNA的相互...
其带领的眼肿瘤团队利用ChIRP-MS技术(一种研究RNA-蛋白相互作用的技术手段)结合RNA-seq、ChIP等一系列体内体外实验对视网膜母细胞瘤新的作用机制进行了深入研究。研究发现肿瘤细胞中Ch12p 13.32染色质开放,激活一种新型lncRNA GAU1表达,GAU1可以在致癌基因GALNT8启动子区富集,招募转录因子TCEA1到启动子区,促进其表达...
RNA结合蛋白(RNA-binding proteins, RBPs)是RNA -蛋白质相互作用的基本介质和调节因子,在免疫和非免疫细胞中控制各种遗传、表观遗传和代谢事件典型RBPs具有RNA结合域(RNA-binding domains, RBDs),可以识别并结合到特定的序列元素,如腺嘌呤和富尿苷元素(AREs),或目标mRNA的结构,如茎环。大量没有已知RBDs的非典型...
酵母三杂交系统检测和分析RNA-蛋白相互作用实验 实验方法原理 酵母三杂交系统(yeast three-hybrid system)可用于分析蛋白质与 RNA 间的相互作用。在酵母三杂交系统中,RNA 蛋白质相互作用导致报道基因的转录,可以通过细胞生长、克隆颜色或特异的酶活性检测蛋白质与 RNA 的相互作用。
RNA分子可以通过形成结构域、与特定蛋白质结合来实现其生物学功能。RNA分子的结构是其功能的精确定义,因为RNA分子的结构可以反映其在生物体内的活性状态。RNA的结构域具有能够与蛋白质相互作用的结构特征,称为RNA结构域。RNA结构域通常是由碱基配对、绕线翻转、特定的三维结构等多种因素共同作用而形成的。这些结构域在...
不同的RBP通过协调由DNA、RNA和免疫细胞内的蛋白质组成的复杂调控网络,在异常的自身反应性炎症反应中发挥关键作用。深入了解自身免疫和自身炎症过程中RBP-RNA相互作用的特征将有助于更好地了解自身免疫的发病机制,并有助于开发有效的治疗策略。 RBP介导的自身免疫和自身炎症免疫反应的调节 ...
通过利用RNase H酶特异性地降解与DNA探针杂交的RNA区域,TREX技术不仅可以揭示已知的RNA-蛋白质相互作用,还能发现新的、未被发现的相互作用。 发表于Nature Methods的研究“TREX reveals proteins that bind to specific RNA regions in living cells”,报道了一种名为TREX的技术。TREX(Targeted RNase H-mediated Extrac...