RNA pull down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验方法之一。使⽤体外转录法标记⽣物素RNA探针，然后与胞浆蛋⽩提取液孵育，形成RNA-蛋⽩质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从⽽与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过WB 实验检测特定的RNA 结合蛋⽩是否与RNA
CLIP-seq技术可实现全基因组水平的RNA-蛋白互作分析。RNA凝胶迁移实验用于分析RNA与蛋白的体外结合能力。酵母三杂交系统能在酵母细胞中研究RNA与蛋白的互作。 双分子荧光互补技术可直观检测RNA与蛋白的相互作用。表面等离子体共振可实时监测RNA与蛋白的结合过程。等温滴定量热法能测定RNA与蛋白结合的热力学参数。蛋白质...
这通常在活细胞中进行,通过化学蛋白组学富集和分析标记的蛋白质,生成候选互作蛋白图谱。 一、PL应用场景概览 本系列推文分为三期,不仅回顾了PL在探索传统蛋白互作中的应用,还聚焦于突破传统“诱饵-猎物”范式的创新应用场景,如RNA与蛋白互作(见下图A)、细胞表面膜蛋白组及信号通路研究(见下图B)、小分子/配体与蛋白互...
RIP是一种RNA结合蛋白免疫沉淀技术,用于检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用,以蛋白为主角。 RIP的基本原理是用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白,防止非特异性的RNA的结合,免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来,结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip)、定量RT-PCR或高通量测序...
作者进一步用RNase T1处理RNAylated rS1，发现32P标记仍然保留在蛋白质上，说明RNA与蛋白质之间是共价键连接。ADP-核糖基化和RNAylation的机制 作者接着利用质谱分析鉴定了ModB转移RNA链的位点，发现rS1蛋白的修饰位点为R139和R142。那ModB识别Arg是如何实现特异性的呢？作者分析了已知目标蛋白质的结构特征。研究...
RIP技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RNA结合蛋白免疫沉淀),是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。 简而言之,RIP是在已知蛋白的情况下,利用目标蛋白的抗体,把蛋白和RNA复合物一起沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,最后通过定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定,这里的RNA可以是mRN...
基于免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)的技术是我们研究蛋白与其它大分子类分子互作的关键技术之一,比如研究蛋白与蛋白互作的Co-IP,蛋白与RNA互作的RIP,蛋白与DNA互作的ChIP,其基本原理就是通过要研究目的蛋白的抗体进行免疫共沉淀,接下来根据要检测的分子类型通过各种方法进行检测。
AlphaFold3实操专题三：预测蛋白质与RNA互作 蛋白质与RNA互作是指蛋白质与RNA分子之间的相互作用。这种互作在生物体内广泛存在，参与基因表达调控、RNA加工和转运等多种生命过程。蛋白质通过与RNA结合，影响RNA的结构和功能，进而调控生物体的生理和病理过程。那么如何用AlphaFold3预测蛋白质与RNA互作呢？AlphaFold3给蛋白...
由于RNA结合蛋白(RBPs)显著的生物学功能,它们的表达情况和活性状态能否提供细胞系统的诸多信息。科学家们最近开发了一种新的技术手段,可称为相互作用体捕获手段,用于识别细胞中的活性RBPs。利用紫外线交联RBPs与RNA聚合物,并通过寡聚dT磁珠共价结合蛋白质。经过清洗后,再通过质谱检测结合蛋白。此实验方法大概耗时3天...
接下来,让我们一同探索RNA与蛋白互作的研究手段。 一、免疫共沉淀(CoImmunoprecipitation,CoIP) 免疫共沉淀是一种经典的研究蛋白质相互作用的方法,同样也适用于RNA与蛋白互作的研究。其基本原理是利用抗体特异性地结合目标蛋白,然后通过沉淀抗体蛋白复合物,将与之相互作用的RNA一同沉淀下来。随后,可以通过提取RNA并进行...