这些相互作用是基于特定RNA结构或序列的RNA与RNA结合蛋白之间的短暂接触。事实上今天我们要介绍的文章在2021年就投稿到了bioRxiv上,这篇文章中德国海德堡大学Katharina Höfer和Andres Jäschke团队发现蛋白质和RNA也可以通过共价键紧密结合在一起,这一过程被称为“RNAylation”。2022年有两篇文章相继报道了RNAylatio...
与传统的RNA蛋白质相互作用分析方法相比,TREX技术能够更加精确地识别出与特定RNA区域直接相互作用的蛋白质,无论这些相互作用发生在细胞的哪个部位,都能被有效捕获和鉴定。通过利用RNase H酶特异性地降解与DNA探针杂交的RNA区域,TREX技术不仅可以揭示已知的RNA-蛋白质相互作用,还能发现新的、未被发现的相互作用,为我们理...
在TH的74个蛋白质带有注释的结构域(RNA-binding domains (RBDs)),这74种蛋白质由98个含蛋氨酸的肽命中表示,其中66个含甲硫氨酸的肽中有49个被定位到已知的RBD,这表明TH RNA和这些蛋白质相互作用体具有新的相互作用表面。这些定位的RNA结合结构域包括RNA识别基序(RRM)(21肽)、解旋酶结构域(7肽)、双链RNA结合...
早在20世纪80年代,紫外光就被描述成活细胞中蛋白质与RNA的交联。同样,CLIP使用254nm的短波紫外线照射在RNA和蛋白质之间产生共价键,这与基于染色质免疫沉淀(CHIP)的蛋白质DNA相互作用研究中通常使用的甲醛交联形成对比。RNA和蛋白质的共价连接使得使用针对内源性RBPs或表位标签的抗体的免疫沉淀严格纯化蛋白-RNA复合物成...
细胞核作为真核细胞的核心组成部分,其地位与重要性无可替代。它身披核膜这一天然屏障,宛如一道界河,将细胞核与细胞质分隔开来。在细胞核内,DNA得以安心复制,RNA在此完成转录与加工,确保遗传信息的准确传递。…
一般的酶都由蛋白质构成,因为蛋白质能够在三维空间里盘绕成复杂的形态,催化各种化学反应。但在20世纪70年代,我们发现RNA也能盘绕成足够复杂的三维形态,同样表现出丰富的催化能力,这就是RNA世界假说最根本的理论来源。RNA世界假说的核心内容,是RNA分子可以催化自我复制,由此打破遗传和代谢的两难。所以在实验室里...
第一步,通过Uniport网站获取候选基因的蛋白质序列(以MYC为例)。 第二步,通过NCBI获取RNA序列(以lncRNA H19为例)。 第三步,访问 AlphaFold Server(AlphaFold Server需要科学上网,而且建议使用Google浏览器,使用谷歌账号登录)和输入数据进行预测。 登录谷歌邮箱账号,点击Add entity框就可以添加蛋白质、DNA、RNA、配体...
如前文所说,较大的蛋白质和RNA需要核转运蛋白介导的能量依赖性主动转运,从而完成进出细胞核的过程。其中,XPO1是一种核输出蛋白,属于核转运蛋白的importin-β超家族,能够识别货物蛋白的核输出序列。在输出蛋白中,只有XPO1负责运输含核输出信号的核蛋白,如p53、RB1和p27。XPO1在癌症患者(包括胰腺癌、胃癌、前列...
作者认为,在某些情况下,RNA与蛋白质之间的不一致可能是由于蛋白质向其他组织的组成型分泌(constitutive secretion)所致。举例而言,在所有组织中,占据最大比例分泌蛋白数量的组织依次是肝脏、脑、动脉、胰腺和垂体。通路分析提示,肝脏分泌的这些蛋白质主要涉及补体激活、凝血、脂质转运和蛋白质定位等。而这些蛋白质富含于动...
该研究支持在“RNA世界”假说基础上的另一种说法,“RNA世界”假说认为,在DNA及其编码的蛋白质进化之前,第一个生物体是基于RNA链的。标准理论认为,在“RNA世界”里,生命可能以复杂的原始RNA链形式存在,它们既能复制自己,又能与其他链竞争。后来,这些...