RNA-pulldown技术将体外合成的添加标记的特定RNA分子作为诱饵(通常是生物素标记),通过标记配体的磁珠捕获捕获目标RNA及其结合蛋白复合物,下游可以通过Western blot或蛋白质谱等方法分析结合的蛋白质。 RNA-pulldown技术的优势在于其特异性高、操作简便,适用于研究RNA和蛋白质的直接或间接相互作用。同时它也可以结合组学分...
PDB中的数据含有蛋白质表面的空间拓扑信息,但是由于有些数据来自同源蛋白质,存在着数据冗余的问题,其会带来偏置,降低模型的泛化能力。 为了解决这一问题,他们将PDB聚类(每个类中的条目至少有90%的RNA重合),然后从每个类中选取最好分辨的一个结构;如果一个结构中又有多个相同的蛋白质/RNA链,那么截取最好分辨的RNA...
本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结(同专题一/二总结类似,看过可忽略直接进入实操正文): 优点:利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it(互作机制研究) easier。建议结合其他生信分析网站,如catRAPID、RBPDB等网站(干实验数据),或充分整合自己项目的RIP...
蛋白质进出细胞核主要依靠核定位序列或者核输出序列，与核转运蛋白结合，从而形成转运复合物。而转运复合物与NPC结合后能够改变NPC的构象，使之从胞质面转运至核质面。而RNA被转运出细胞核也是一种主动运输的过程——研究表明，真核生物的RNA，都是与相关蛋白结合在一起，形成各种核糖核蛋白颗粒，其含有核定位序列，...
作者进一步用RNase T1处理RNAylated rS1，发现32P标记仍然保留在蛋白质上，说明RNA与蛋白质之间是共价键连接。ADP-核糖基化和RNAylation的机制 作者接着利用质谱分析鉴定了ModB转移RNA链的位点，发现rS1蛋白的修饰位点为R139和R142。那ModB识别Arg是如何实现特异性的呢？作者分析了已知目标蛋白质的结构特征。研究...
准确识别病毒 RNA - 蛋白质相互作用:在识别 SARS-CoV-2 相关的病毒 RNA - 蛋白质相互作用方面,ZHMolGraph 表现出色,召回率达 0.860,远高于 IPMiner 和 RPITER,展现出其在病毒研究领域的巨大潜力。 研究结论与意义 ZHMolGraph 结合无监督 LLMs 和图神经网络,在 RNA - 蛋白质相互作用预测方面取得了显著成果。
RNA与蛋白质的相互作用对整个生物学中的RNA功能至关重要。通常依赖于亲和力纯化的传统策略也倾向于检测高亲和力相互作用,可能会错失一些具有生物学重要性的较弱相互作用。 2024年2月,来自杜克大学化学系的Amanda E. Hargrove教授和Michael C. Fitzgeral教授课题组将稳定性的质谱法首次应用在分析RNA-蛋白相互作用中,该...
小伙伴都知道小编家的明星产品ChIP-seq,通过免疫共沉淀获得蛋白互作的DNA;同样的蛋白和RNA有着千丝万缕的互作关系,获得蛋白结合的RNA就需要我们的RIP-seq & CLIP-seq展现魅力了。 简单来说是通过抗体与靶蛋白进行免疫沉淀反应,将共沉淀下来的RNA分子进行高通量测序。高通量测序作为“科研神队友”,结合传统的免疫沉淀...
RNA pull down是一种使用生物素化RNA探针捕获目标蛋白质-RNA复合物的技术。首先，将RNA探针和重组蛋白孵育以允许体外相互作用发生。然后使用链霉亲和素-琼脂糖珠通过生物素pull-down捕获结合蛋白中的组分，然后对重组蛋白进行His标签反应探针洗脱和免疫印迹。步骤节选 step A. Beadpreparationstep B. Protein–RNA ...
近日,赛默飞世尔科技全新推出了一款Pierce Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit,让研究人员能够以末端标记的RNA作为诱饵,轻松富集蛋白质-RNA的相互作用。与抗体捕获相比,这种方法的优势在于脱硫生物素化的目标RNA能够直接富集RBP(或复合物)。 蛋白质与RNA的相互作用是许多细胞功能的核心,如蛋白质合成、mRNA组装、病毒复...