蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台:RNA亲和纯化测序技术(RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq)。该技术是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的RNA结合蛋白,然后与RNA在体外进行孵育和结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序,通过生物信息学分析,可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、...
CLlP(Cross-linking and lmmunoprecipitation)通过紫外交联稳定细胞内RNA-蛋白复合物,再使用特异性抗体进行免疫共沉淀,获取目标蛋白互作的RNA。TRAP (Tagged RNA Affinity Purification)通过构建质粒在目标RNA上添加标签,转染细胞后通过标签结合蛋白和亲和纯化技术,捕获目标RNA及与之结合的其他RNA或蛋白质。RAP(RNA Antisense...
专题(一)介绍转录因子与靶基因启动子、专题(二)介绍蛋白质与蛋白质的互作预测。本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结(同专题一/二总结类似,看过可忽略直接进入实操正文):优点:利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it(互作机制研究) easier。建议结合...
尽管RNA-蛋白质相互作用的早期研究仅限于单个蛋白复合物的研究,但是RNA测序和蛋白质组学在技术层面的进步使得研究人员能够从转录组和蛋白质组两个维度进行分析。 值得注意的是,在完整的生物样品如细胞和动物组织中进行UV介导的蛋白质-RNA复合物光...
RNA pull down是用于检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间互作的实验手段。RNA pull down使用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过Western Blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。也...
2021年11月4日,Cell Research杂志发表了题为“基于多病毒RNA-宿主蛋白质互作组比较分析指导抗新冠肺炎的快速新药发现 (Comparison of viral RNA–host protein interactomes across pathogenic RNA viruses informs rapid antiviral drug discovery for SARS-CoV-2)”的研究文章,该研究采用高通量的ChIRP-MS技术,系统解析...
2020年2月,来自普林斯顿大学化学系的Kleiner博士在Elsevier出版社旗下的Current Opinion in Chemical Biology 杂志发表综述,总结了目前RNA与蛋白互作的高通量测序的各种技术手段。Kleiner博士长期致力于m6A甲基化研究中各种与测序和质谱相关的方法学优化工作,力求为m6A甲基化研究竭尽全力。
蛋白质和RNA是具有紧密关系的生物分子,能够通过物理相互作用参与完成细胞的周期并调控细胞的生物学过程。如果干扰了它们的正常相互作用,将会导致细胞功能紊乱,影响植物的生长发育。...
蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台:RNA亲和纯化测序技术(RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq)。该技术是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的RNA结合蛋白,然后与RNA在体外进行孵育和结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序,通过生物信息学分析,可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、...
RNA-蛋白质相互作用在转录后基因调控中至关重要。随着RNA测序技术和高效液相质谱联用的蛋白质组学技术的快速发展,将这些创新的化学生物工具与生物学研究相结合,预示了在细胞水平研究分子的互作将成为可能。本文作者描述了蛋白质组学和转录组学方法在开发和应用细胞RNA-蛋白质互作方面的最新研究进展,重点聚焦基于测序技术...