RIP用于选择性地富集与特定RNA相互作用的蛋白质,RNA pull-down通过RNA探针捕获相互作用蛋白质,而MeRIP则用于甲基化RNA的研究。下面就让我们详细了解一下—— RIP RIP,全称为RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay,RNA 结合蛋白免疫沉淀,其主要目的是富集RNA分子和与之相互作用的蛋白质,以便进一步分析这些相互作用...
RNA pull-down除了可以研究RNA与蛋白互作，也可以研究RNA与RNA互作，可通过探针法来研究。实验常见问题 1 RNA结合蛋白的亲和力不够的原因？可能的原因：1)结合缓冲环境没有优化；2)裂解不完全；3)磁珠用量不足；4) RNA探针用量不足。解决方案：1)优化孵育时间、温度、盐浓度等条件；2)增加裂解液和蛋白上样量的...
1. RNA与蛋白质的互作方式 RNA与蛋白质之间的互作是基于它们之间的化学结构相互配对的。RNA分子具有多种不同的结构,其中最常见的是单股线性结构和双股线性结构。蛋白质是由氨基酸单元组成的长链,具有三级结构:一级结构是氨基酸序列,二级结构是α-螺旋或β-折叠,三级结构是蛋白质的整体立体构象。RNA与蛋白质之间的互...
在TH的74个蛋白质带有注释的结构域(RNA-binding domains (RBDs)),这74种蛋白质由98个含蛋氨酸的肽命中表示,其中66个含甲硫氨酸的肽中有49个被定位到已知的RBD,这表明TH RNA和这些蛋白质相互作用体具有新的相互作用表面。这些定位的RNA结合结构域包括RNA识别基序(RRM)(21肽)、解旋酶结构域(7肽)、双链RNA结合...
非编码RNA序列,包括长链非编码RNA(lncRNA),核仁小RNA(snoRNA)和非翻译mRNA区域,通过与RNA结合蛋白(RBP)的直接相互作用实现其许多不同功能。RNA-蛋白质相互作用是细胞稳态的关键。目前研究RNA-蛋白质相互作用的方法分为两大类:检测与目标RNA结合的蛋白质(RNA-centric)的方法,以及检测与目标蛋白质结合的RNA的方法(pro...
作者进一步用RNase T1处理RNAylated rS1，发现32P标记仍然保留在蛋白质上，说明RNA与蛋白质之间是共价键连接。ADP-核糖基化和RNAylation的机制 作者接着利用质谱分析鉴定了ModB转移RNA链的位点，发现rS1蛋白的修饰位点为R139和R142。那ModB识别Arg是如何实现特异性的呢？作者分析了已知目标蛋白质的结构特征。研究...
RNA pull-down 作为研究 RNA 与蛋白互作的核心技术,已成为研究焦点,是近年来研究IncRNA、circRNA与蛋白质相互作用的主要手段。其以RNA为主角,研究其与蛋白的互作。 RNA pulldown的原理是使用体外转录与生物素标记RNA,然后与细胞或组织的提取液进行孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物与链霉亲和素磁珠结合,通过磁分...
此方法是利用脱硫生物素末端标记的 RNA 和链霉亲和素磁珠标记的来高效富集RNA 结合蛋白(RBP)。RNA-蛋白Pull-Down的原理是将RNA与链霉亲和素磁珠结合。之后在蛋白质-RNA结合缓冲液中平衡RNA结合的磁珠,再加入蛋白裂解液。随后添加适当的缓冲液、涡旋振荡,并在磁力架上分离,洗涤磁珠。最后样品可通过非变性的生物素洗...
一.RNA pull down 技术应用 1.癌症肿瘤相关调控机制研究 LncRNA发挥功能的方式很广,可以与蛋白、DNA和RNA相互作用,参与多种生物学过程的调控,主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录翻译、发挥ceRNA、增强子RNA作用等,从而对细胞增值、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。
非编码RNA序列,包括长链非编码RNA(lncRNA),核仁小RNA(snoRNA)和非翻译mRNA区域,通过与RNA结合蛋白(RBP)的直接相互作用实现其许多不同功能。RNA-蛋白质相互作用是细胞稳态的关键。目前研究RNA-蛋白质相互作用的方法分为两大类:检测与目标RNA结合的蛋白质(RNA-centric)的方法,...