RNA pull-down除了可以研究RNA与蛋白互作，也可以研究RNA与RNA互作，可通过探针法来研究。实验常见问题 1 RNA结合蛋白的亲和力不够的原因？可能的原因：1)结合缓冲环境没有优化；2)裂解不完全；3)磁珠用量不足；4) RNA探针用量不足。解决方案：1)优化孵育时间、温度、盐浓度等条件；2)增加裂解液和蛋白上样量的...
这些相互作用是基于特定RNA结构或序列的RNA与RNA结合蛋白之间的短暂接触。事实上今天我们要介绍的文章在2021年就投稿到了bioRxiv上，这篇文章中德国海德堡大学Katharina Höfer和Andres Jäschke团队发现蛋白质和RNA也可以通过共价键紧密结合在一起，这一过程被称为“RNAylation”。2022年有两篇文章相继报道了RNAylatio...
分子交互的直接作用有四种款式:蛋白结合DNA、蛋白结合蛋白、RNA结合RNA或DNA、RNA结合蛋白或蛋白结合RNA。 RNA结合蛋白或蛋白结合RNA是流行,是4种分子交互类型中研究难度最大也是逼格最高的。 鉴于lncRNA是当前研究的热点,我们今天按照的《三十六策》解构一篇2019年发表在Nucleic Acids Research(IF=11.14)的文章(题目见...
SAINT等分析工具可以有效评估真正的RBP-RNA相互作用的概率。对于样品和对照,使用两次以上的重复,以排除假阳性。对于阴性对照,使用乱序序列。 图一:RNA-centric方法图示 RNA-centric方法的选择:首先考虑体内还是体外。体外方法对于确定哪些核苷酸和氨基酸对已知的RNA-蛋白质相互作用有关特别有效。体内方法偏向于动态研究,如...
RNA pull-down 作为研究 RNA 与蛋白互作的核心技术,已成为研究焦点,是近年来研究IncRNA、circRNA与蛋白质相互作用的主要手段。其以RNA为主角,研究其与蛋白的互作。 RNA pulldown的原理是使用体外转录与生物素标记RNA,然后与细胞或组织的提取液进行孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物与链霉亲和素磁珠结合,通过磁分...
接下来,让我们一同探索RNA与蛋白互作的研究手段。 一、免疫共沉淀(CoImmunoprecipitation,CoIP) 免疫共沉淀是一种经典的研究蛋白质相互作用的方法,同样也适用于RNA与蛋白互作的研究。其基本原理是利用抗体特异性地结合目标蛋白,然后通过沉淀抗体蛋白复合物,将与之相互作用的RNA一同沉淀下来。随后,可以通过提取RNA并进行...
蛋白质-RNA互作在基因表达调控中的作用 1.蛋白质-RNA互作在转录后调控中起着关键作用,如mRNA的剪接、稳定性和定位。 2.研究表明,多种转录因子和调控蛋白通过识别特定的RNA序列来调节基因表达。 3.蛋白质-RNA互作在细胞周期的调控、应激反应和发育过程中也发挥着重要作用。 蛋白质-RNA互作的生物信息学分析 1.生物...
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RNA结合蛋白(RBPs)由超过2000种蛋白质组成,它们通过各种方式与转录本相互作用。RBP用来结合和调节RNA的结构和机制非常多样。 目前已知lncRNA、miRNA、circRNA和mRNA都可以与蛋白相互作用,并在转录后发生调控机…
简而言之,RIP是在已知蛋白的情况下,利用目标蛋白的抗体,把蛋白和RNA复合物一起沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,最后通过定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定,这里的RNA可以是mRNA,也可以是非编码RNA,如circRNA,lncRNA,miRNA等。 RIP-seq实验流程 RNA pull-down RNA pull-down是检测RNA...