利用紫外线交联RBPs与RNA聚合物,并通过寡聚dT磁珠共价结合蛋白质。经过清洗后,再通过质谱检测结合蛋白。此实验方法大概耗时3天,并且该方法可以用在不同生物状态下,包括代谢、细胞周期、分化、发育或者对药物的反应等。 已经有许多方法用于研究mRNA相互作用蛋白,例如采用全基因组矩阵和荧光RNA探针对酵母RBPs进行系统的...
RNA pull down实验是一种常用的研究RNA与蛋白互作关系的方法。以下是其基本步骤：RNA探针制备：首先，需要合成包含RNA序列的探针。这可以通过化学合成或体外转录来完成。探针可以是全长RNA序列，也可以是包含特定结构、序列或修饰的片段。探针标记：将RNA探针标记上适当的报告分子，如荧光染料或放射性同位素。
第二部分: lncRNA HOTAIR通过抑制雄激素受体AR的泛素化降解上调AR表达,分为两部分来说明: lncRNA HOTAIR与AR结合; E3泛素酶MDM2与AR结合,而 lncRNA HOTAIR抑制两者结合。 为了证明 lncRNA HOTAIR与AR结合,用RIP和RNA pull-down实验分别明确HOTAIR与AR结合,并确定两者结合的序列和结构域。 为了证明 lncRNA HOT...
RNA-蛋白互作研究新方法——XRNAX
RNA在细胞核中转录;在加工过程中,它被运输到细胞质并被核糖体翻译。最后,信使RNA被降解。 所有的RNA分子在完成重要任务时,都需要蛋白质作为结合伙伴。德国癌症研究中心的科学家,DKFZ)和欧洲分子生物学实验室(EMBL)的同事开发了第一种方法来分析整个细胞RNA蛋白网络的组成。这项新方法现已发表在科学杂志《细胞》上...
一种研究鸡lncRNA互作蛋白的方法,属于生物技术领域.通过设计并合成了LncPGCR的sense和antisense链来进行RNApull down,筛选出互作蛋白.进一步结合RIP实验技术,对互作蛋白表达变化进行了探究,丰富了lncRNA与蛋白质互作的研究.本发明的方法简单易行,思路清晰,操作可行性高,在普通研究室就能完成.实验者两个月就能完成.本...
研究RNA蛋白互作的又一利器。 一直以来,蛋白如何编辑RNA、并使其完成翻译过程,就是转录组学的研究热点。所以,RNA(尤其是miRNA、lncRNA和circRNA)与蛋白相互作用,自然而然成为了科研人员挂在口头、记在心里的宠儿。 然而,目前并没有纯化蛋白-RNA复合物的通用方法,看似巧妇难为无米之炊,但近日cell杂志中的一篇研究论...
CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。
在不同的生物系统或者实验条件下,此捕获实验方法也可以用来研究RBPs组成和动力学研究。 方法限制 缺点主要有如下: 不能检测未结合到PolyA+RNA的蛋白质; 不能研究未在细胞中表达的蛋白; 不能检测在当前实验条件下有活性的蛋白; 未在紫外线下发生交联的蛋白,因紫外线交联效率一定,因此需要足够多的细胞下进行,例如2....