蛋白质与RNA互作是指蛋白质与RNA分子之间的相互作用。这种互作在生物体内广泛存在，参与基因表达调控、RNA加工和转运等多种生命过程。蛋白质通过与RNA结合，影响RNA的结构和功能，进而调控生物体的生理和病理过程。那么如何用AlphaFold3预测蛋白质与RNA互作呢？AlphaFold3给蛋白质与RNA互作预测提供了新的方法和工具。如遇...
01 以一个已知蛋白质预测RNA为例 第一步: 第二步: 选择第一种进入下图界面,进行信息填写。 注意:若无法预测蛋白质结合哪种类型RNA,可选择不同类型RNA依次进行预测。 第三步:等待结果。提交完成后一般会在10-30分钟收到包含计算结果的网页链接。 结果如图所示:结果主要包括两部分,第一部分为图片,第二部分为表格...
本文将就RNA互作网络和蛋白质结构的预测方法进行分析和探讨。 一、RNA互作网络 1.1 RNA互作网络的基本概念 RNA互作网络是指通过分子生物学,计算机科学,生物信息学等交叉科学研究方法,构建基于RNA互作关系的全局网络结构。这个网络结构包括RNA互作关系网络,RNA相关蛋白质网络,RNA-mRNA网络等。RNA互作可以象征性地理解为在...
首先是二级结构,对应RNA来说,利用Vienna包中的RNAsubopt来预测RNA的二级结构,而RNAsubopt会给出若干具有最低自由能的二级结构,然后lncPro将会把这些结果转换为数字特征向量 对于蛋白质序列,同样的道理,利用Predator来预测蛋白质的二级结构,然后lncPro将会把这些结果转换为数字特征向量 而另外两个特征分别是氢键和范德华...
基于这个结果,研究者们开发了一种新的算法SONAR,利用现有的蛋白互作组数据库,通过计算各个蛋白与已知RBP的互作情况,进行RBP预测。最后,研究者们通过eCLIP-seq对8个预测的人类RBP进行验证,发现其中7个具有显著的RNA结合特性,说明该算法预测的RBP具有较高的可靠性。
catRAPID的使用方法直观且易懂。首先，访问s.tartaglialab.com/page...，进入界面。对于已知蛋白预测RNA，只需按照步骤填写信息，大约10-30分钟即可收到预测结果，包括交互矩阵和详细的数据表，如交互倾向、Z值和星级评定。这些信息不仅能帮助你理解蛋白质与RNA的潜在结合区域，还有助于优先级排序。同样，...
我们团队紧跟互作机制研究热点,可以协助您的项目,使用AlphaFold3工具进行预测分析。另外,我们团队长期聚焦互作机制研究的湿实验技术服务,如RIP-Seq互作组检测、RIP-qPCR互作蛋白验证、修饰互作验证、环境条件互作验证、互作调控机制探索等实验,协助您轻松突破互作机制
这个RNA与蛋白互作 不是测定分子间相互作用力吗 我们用仪器检测 亲和力大小强弱 预测的网站 不准吧~ bright8 有分子互做仪,直接测出来就好啦。 muchong5577 看看这个是否对你有帮助咯:http://swissmodel.expasy.org 根本扛不住 http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_omics_group 这个网站,比较常用的一...
第一章讲的就是植物lncRNA-蛋白质相互作用的研究背景和现状，15-16页有个表简述了目前用到的数据库 ...
RNA-蛋白互作预测神器catRAPID 爱基百客 专注于表观及单细胞组学多年,加微:Igenebook0 爱基百客: RNA结合蛋白(RBPs)由超过2000种蛋白质组成,它们通过各种方式与转录本相互作用。RBP用来结合和调节RNA的结构和机制非常多样。 目前已知lncRNA、miRNA、circRNA和mRNA都可以与蛋白相互作用,并在转录后发生调控机制。有很多...