蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台:RNA亲和纯化测序技术(RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq)。该技术是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的RNA结合蛋白,然后与RNA在体外进行孵育和结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序,通过生物信息学分析,可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、...
尽管RNA-蛋白质相互作用的早期研究仅限于单个蛋白复合物的研究,但是RNA测序和蛋白质组学在技术层面的进步使得研究人员能够从转录组和蛋白质组两个维度进行分析。 值得注意的是,在完整的生物样品如细胞和动物组织中进行UV介导的蛋白质-RNA复合物光...
CLlP(Cross-linking and lmmunoprecipitation)通过紫外交联稳定细胞内RNA-蛋白复合物,再使用特异性抗体进行免疫共沉淀,获取目标蛋白互作的RNA。TRAP (Tagged RNA Affinity Purification)通过构建质粒在目标RNA上添加标签,转染细胞后通过标签结合蛋白和亲和纯化技术,捕获目标RNA及与之结合的其他RNA或蛋白质。RAP(RNA Antisense...
专题(一)介绍转录因子与靶基因启动子、专题(二)介绍蛋白质与蛋白质的互作预测。本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结(同专题一/二总结类似,看过可忽略直接进入实操正文):优点:利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it(互作机制研究) easier。建议结合...
基于病毒基因组RNA-宿主蛋白互作网络,研究人员通过比较分析鉴定了一系列参与不同病毒感染的宿主蛋白质复合物(图1),比如细胞内的翻译机器(ribosome)、宿主剪切体蛋白(spliceosome)、与RNA稳定性相关的IGF2BP1-蛋白质复合物 (IGF2BP1-associated complex)、小分子核糖核酸(microRNA)代谢相关复合物(Drosha-DGCR8 complexes...
2020年2月,来自普林斯顿大学化学系的Kleiner博士在Elsevier出版社旗下的Current Opinion in Chemical Biology 杂志发表综述,总结了目前RNA与蛋白互作的高通量测序的各种技术手段。Kleiner博士长期致力于m6A甲基化研究中各种与测序和质谱相关的方法学优化工作,力求为m6A甲基化研究竭尽全力。
蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台:RNA亲和纯化测序技术(RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq)。该技术是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的RNA结合蛋白,然后与RNA在体外进行孵育和结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序,通过生物信息学分析,可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、...
蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台:RNA亲和纯化测序技术(RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq)。该技术是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的RNA结合蛋白,然后与RNA在体外进行孵育和结合,再分离出与目的RBP结合的RNA,进行建库与高通量测序,通过生物信息学分析,可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、...
2020年2月,来自普林斯顿大学化学系的Kleiner博士在Elsevier出版社旗下的Current Opinion in Chemical Biology杂志发表综述,总结了目前RNA与蛋白互作的高通量测序的各种技术手段。Kleiner博士长期致力于m6A甲基化研究中各种与测序和质谱相关的方法学优化工作,力求为m6A甲基化研究竭尽全力。
尽管RNA-蛋白质相互作用的早期研究仅限于单个蛋白复合物的研究,但是RNA测序和蛋白质组学在技术层面的进步使得研究人员能够从转录组和蛋白质组两个维度进行分析。值得注意的是,在完整的生物样品如细胞和动物组织中进行UV介导的蛋白质-RNA复合物光交联,在开发以高通量测序研究RBP-RNA互作的方法中发挥了重要作用。此外,...